Structural and Functional Characterization of IclR Transcription Regulators
Notice bibliographique
Résumé
This work is a part of a large project in our laboratory that is aimed toward characterization of prokaryotic transcription regulators from different families and their interactions with small-molecule effectors. My study was focused of IclR family of transcriprion regulators, specifically on its founding member Isocytrate Lyase Regulator (IclR) from E.coli and AllR regulator from E.coli, which share 42% sequence identity with IclR. I used a combination of biophysical, biochemical and structural biology techniques to explore the mechanisms by which IclR and AllR interact with their effectors.\nI performed site-directed mutagenesis experiments in order to research the role of individual amino acids in interaction of AllR regulator with its previously identified effector glyoxylate and to test whether oligomerization plays a role in effector-induced signal transduction by AllR. Using differential light scattering, which allows high-throughput screening of small molecules for thermostabilization of proteins, I identified potential effctors for the IclR regulator. The physiological relevance of these candidate molecules was tested in-vitro and in-vivo and their interaction with IclR was characterized by Isothermal Titration Calorimetry and X-ray Crystallography.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».