Contribution and Interaction of Shiga Toxin Genes to Escherichia coli O157:H7 Virulence
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli O157:H7 is the predominant cause of diarrhea-associated hemolytic uremic syndrome (HUS) worldwide. Its cardinal virulence traits are Shiga toxins, which are encoded by stx genes, the most common of which are stx1a, stx2a, and stx2c. The toxins these genes encode differ in their in vitro and experimental phenotypes, but the human population-level impact of these differences is poorly understood. Using Shiga toxin-encoding bacteriophage insertion typing and real-time polymerase chain reaction, we genotyped isolates from 936 E. coli O157:H7 cases and verified HUS status via chart review. We compared the HUS risk between isolates with stx2a and those with stx2a and another gene and estimated additive interaction of the stx genes. Adjusted for age and symptoms, the HUS incidence of E. coli O157:H7 containing stx2a alone was 4.4% greater (95% confidence interval (CI) −0.3%, 9.1%) than when it occurred with stx1a. When stx1a and stx2a occur together, the risk of HUS was 27.1% lower (95% CI −87.8%, −2.3%) than would be expected if interaction were not present. At the population level, temporal or geographic shifts toward these genotypes should be monitored, and stx genotype may be an important consideration in clinically predicting HUS among E. coli O157:H7 cases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».