Comparing eDNA metabarcoding and species collection for documenting Arctic metazoan biodiversity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Arctic biodiversity has long been poorly documented and is now facing rapid transformations due to ongoing climate change and other impacts, including shipping activities. These changes are placing marine coastal invertebrate communities at greater risk, especially in sensitive areas such as commercial ports. Preserving biodiversity is a significant challenge, going far beyond the protection of charismatic species and involving suitable knowledge of the spatiotemporal organization of species. Therefore, knowledge of alpha, beta, and gamma biodiversity is of great importance to achieve this objective, particularly when partnered with new cost‐effective approaches to monitor biodiversity. Method and results This study compares metabarcoding of COI mitochondrial and 18S rRNA genes from environmental DNA (eDNA) water samples with standard invertebrate species collection methods to document community patterns at multiple spatial scales. Water samples (250 ml) were collected at three different depths within three Canadian Arctic ports: Churchill, MB; Iqaluit, NU; and Deception Bay, QC. From these samples, 202 genera distributed across more than 15 phyla were detected using eDNA metabarcoding, of which only 9%–15% were also identified through species collection at the same sites. Significant differences in taxonomic richness and community composition were observed between eDNA and species collections at both local and regional scales. This study shows that eDNA dispersion in the Arctic Ocean reduces beta diversity in comparison with species collections while emphasizing the importance of pelagic life stages for eDNA detection. Conclusion The study also highlights the potential of eDNA metabarcoding to assess large‐scale Arctic marine invertebrate diversity while emphasizing that eDNA and species collection should be considered as complementary tools to provide a more holistic picture of coastal marine invertebrate communities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».