Predictable patterns of CTL escape and reversion and the limited role of epistasis in HIV-1 evolution
Notice bibliographique
Résumé
The twin processes of viral evolutionary escape and reversion in response to host immune pressure, in particular the cytotoxic T-lymphocyte (CTL) response, shape Human Immunodeficiency Virus-1 sequence evolution in infected host populations. The tempo of CTL escape and reversion is known to differ between CTL escape variants in a given host population. Here, we ask: are rates of escape and reversion comparable across infected host populations? For three cohorts taken from three continents, we estimate escape and reversion rates at 23 escape sites in optimally defined Gag epitopes. We find consistent escape rate estimates across the examined cohorts. Reversion rates are also consistent between a Canadian and South African infected host population. Certain Gag escape variants that incur a large replicative fitness cost are known to revert rapidly upon transmission. However, the relationship between escape/reversion rates and viral replicative capacity across a large number of epitopes has not been interrogated. We investigate this relationship by examining $in$ $vitro$ replicative capacities of viral sequences with minimal variation: point escape mutants induced in a lab strain. Remarkably, despite the complexities of epistatic effects exemplified by pathways to escape in famous epitopes, and the diversity of both hosts and viruses, CTL escape mutants which escape rapidly tend to be those with the highest replicative capacity when applied as a single point mutation. Similarly, mutants inducing the greatest costs to viral replicative capacity tend to revert more quickly. These data suggest that escape rates in Gag are consistent across host populations, and that in general these rates are dominated by site specific effects upon viral replicative capacity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».