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Guidelines for the use of flow cytometry and cell sorting in immunological studies (second edition)
Andrea Cossarizza, Hyun‐Dong Chang, Andreas Radbruch, Andreas Acs, Dieter Adam, Sabine Adam‐Klages, William W. Agace, Nima Aghaeepour, Mübeccel Akdiş, Matthieu Allez, Larissa N. Almeida, Giorgia Alvisi, Graham Anderson, Immanuel Andrä, Francesco Annunziato, Achille Anselmo, Petra Bächer, Cosima T. Baldari, Sudipto Bari, Vincenzo Barnaba, Joana Barros‐Martins, Luca Battistini, Wolfgang Bauer, Sabine Baumgart, Nicole Baumgarth, Dirk Baumjohann, Bianka Baying, Mary Bebawy, Burkhard Becher, Wolfgang Beisker, Vladimı́r Beneš, Rudi Beyaert, Alfonso Blanco, Dominic A. Boardman, Christian Bogdan, Jessica G Borger, Giovanna Borsellino, Philip E. Boulais, Jolene A. Bradford, Dirk Brenner, Ryan R. Brinkman, Anna E. S. Brooks, Dirk H. Busch, Martin Büscher, Timothy Bushnell, Federica Calzetti, Garth Cameron, Ilenia Cammarata, Xuetao Cao, Susanna Cardell, Stefano Casola, Marco A. Cassatella, Andrea Cavani, Antonio Celada, Lucienne Chatenoud, Pratip K. Chattopadhyay, Sue Chow, Eleni Christakou, Luka Čičin‐Šain, Mario Clerici, Federico Colombo, Laura Cook, Anne Cooke, Andrea M. Cooper, Alexandra J. Corbett, Antonio Cosma, Lorenzo Cosmi, Pierre G. Coulie, Ana Cumano, Ljiljana Cvetković, Van Duc Dang, Chantip Dang‐Heine, Martin S. Davey, Derek Davies, Sara De Biasi, Genny Del Zotto, Gelo Victoriano Dela Cruz, Michael Delacher, Silvia Della Bella, Paolo Dellabona, Günnur Deniz, Mark C. Dessing, James P. Di Santo, Andreas Diefenbach, Francesco Dieli, Andreas Dolf, Thomas Dörner, Regine J. Dress, Diana Dudziak, Michael L. Dustin, Charles‐Antoine Dutertre, Friederike Ebner, Sidonia B. G. Eckle, Matthias Edinger, Pascale Eede, Götz R. A. Ehrhardt, Marcus Eich, Pablo Engel, Britta Engelhardt, Anna Erdei, Charlotte Esser, Bart Everts, Maximilien Evrard, Christine S. Falk, Todd A. Fehniger, Mar Felipo‐Benavent, Helen Ferry, Markus Feuerer, Andrew Filby, Kata Filkor, Simon Fillatreau, Marie Follo, Irmgard Förster, John R. Foster, Gemma A. Foulds, Britta Frehse, Paul S. Frenette, Stefan Frischbutter, Wolfgang Fritzsche, David W. Galbraith, Anastasia Gangaev, Natalio Garbi, Brice Gaudillière, Ricardo T. Gazzinelli, Jens Geginat, Wilhelm Gerner, Nicholas A. Gherardin, Kamran Ghoreschi, Lara Gibellini, Florent Ginhoux, Keisuke Goda, Dale I. Godfrey, Christoph Goettlinger, José M. González‐Navajas, Carl S. Goodyear, Andrea Gori, Jane L. Grogan, Daryl Grummitt, Andreas Grützkau, Claudia Haftmann, Jonas Hahn, Hamida Hammad, Günter J. Hämmerling, Leo Hansmann, Göran K. Hansson, Christopher M. Harpur, Susanne Hartmann, Andrea Hauser, Anja E. Hauser, David L. Haviland, David W. Hedley, Daniela Hernandez, Guadalupe Herrera, Martin Herrmann, Christoph Hess, Thomas Höfer, Petra Hoffmann, Kristin A. Hogquist, Tristan Holland, Thomas Höllt, Rikard Holmdahl, Pleun Hombrink, Jessica P. Houston, Bimba F. Hoyer, Bo Huang, Fang‐Ping Huang, Johanna E. Huber, Jochen Huehn, Michael Hundemer, Christopher A. Hunter, William Ying Khee Hwang, Anna Iannone, Florian Ingelfinger, Sabine Ivison, Hans‐Martin Jäck, Péter K. Jani, Beatriz Jávega, Stipan Jonjić, Toralf Kaiser, Tomáš Kalina, Thomas Kamradt, Stefan H. E. Kaufmann, Baerbel Keller, Steven L. C. Ketelaars, Ahad Khalilnezhad, Srijit Khan, Jan Kisielow, Paul Klenerman, Jasmin Knopf, Hui‐Fern Koay, Katja Kobow, Jay K. Kolls, Wan Ting Kong, Manfred Köpf, Thomas Korn, Katharina Kriegsmann, Hendy Kristyanto, Thomas Kroneis, Andreas Krueger, Jenny F. Kühne, Christian Kukat, Désirée Kunkel, Heike Kunze‐Schumacher, Tomohiro Kurosaki, Christian Kurts, Pia Kvistborg, Immanuel Kwok, Jonathan J. M. Landry, Olivier Lantz, Paola Lanuti, Francesca Larosa, Agnès Lehuen, Salomé LeibundGut‐Landmann, Michael D. Leipold, Leslie Y. T. Leung, Megan K. Levings, Andreia C. Lino, Francesco Liotta, Virginia Litwin, Yanling Liu, Hans‐Gustaf Ljunggren, Michael Lohoff, Giovanna Lombardi, Lilly Lopez, Miguel López‐Botet, Amy E. Lovett‐Racke, Erik Lubberts, Hervé Luche, Burkhard Ludewig, Enrico Lugli, Sebastian Lunemann, Holden T. Maecker, Laura Maggi, Orla Maguire, Florian Mair, Kerstin H. Mair, Alberto Mantovani, Rudolf A. Manz, Aaron J. Marshall, Alicia Martínez‐Romero, Glòria Martrus, Ivana Marventano, Włodzimierz Maśliński, Giuseppe Matarese, Anna Vittoria Mattioli, Christian Maueröder, Alessio Mazzoni, James McCluskey, Mairi McGrath, Helen M. McGuire, Iain B. McInnes, Henrik E. Mei, Fritz Melchers, Susanne Melzer, Dirk Mielenz, Stephen D. Miller, Kingston H. G. Mills, Hans Minderman, Jenny Mjösberg, Jonni S. Moore, Barry Moran, Lorenzo Moretta, Tim R. Mosmann, Susann Müller, Gabriele Multhoff, Luis E. Muñoz, Christian Münz, Toshinori Nakayama, Milena Nasi, Katrin Neumann, Lai Guan Ng, Antonia Niedobitek, Sussan Nourshargh, Gabriel Núñez, José‐Enrique O’Connor, Aaron Ochel, Anna E. Oja, Diana Ordonez, Alberto Órfão, Eva Orlowski‐Oliver, Wenjun Ouyang, Annette Oxenius, Raghavendra Palankar, Isabel Panse, Kovit Pattanapanyasat, Malte Paulsen, Dinko Pavlinić, Livius Penter, Pärt Peterson, Christian Peth, Jordi Pétriz, Federica Piancone, Winfried F. Pickl, Silvia Piconese, Marcello Pinti, A. Graham Pockley, Malgorzata J. Podolska, Zhiyong Poon, Katharina Pracht, Immo Prinz, Carlo Pucillo, Sally A. Quataert, Linda Quatrini, Kylie M. Quinn, Helena Radbruch, Tim Radstake, Susann Rahmig, Hans-Peter Rahn, Bartek Rajwa, Gevitha Ravichandran, Yotam Raz, Jonathan A. Rebhahn, Diether Recktenwald, Dorothea Reimer, Caetano Reis e Sousa, Ester B. M. Remmerswaal, Lisa Richter, Laura G. Rico, Andrew Riddell, Aja M. Rieger, J. Paul Robinson, Chiara Romagnani, Anna Rubartelli, Jürgen Ruland, Armin Saalmüller, Yvan Saeys, Takashi Saito, Shimon Sakaguchi, Francisco Sala‐de‐Oyanguren, Yvonne Samstag, Sharon Sanderson, Inga Sandrock, Angela Santoni, R. Bellmàs Sanz, Marina Saresella, Catherine Sautès‐Fridman, Birgit Sawitzki, Linda Schadt, Alexander Scheffold, Hans Ulrich Scherer, Matthias Schiemann, Frank A. Schildberg, Esther Schimisky, Andreas Schlitzer, Josephine Schlosser, Stephan Schmid, Steffen Schmitt, Kilian Schober, Daniel Schraivogel, Wolfgang Schuh, Thomas Schüler, Reiner Schulte, Axel Schulz, Sebastian Schulz, Cristiano Scottà, Daniel Scott‐Algara, David P. Sester, T. Vincent Shankey, Bruno Silva‐Santos, Anna Katharina Simon, Katarzyna Sitnik, Silvano Sozzani, Daniel E. Speiser, Josef Špidlen, Anders Ståhlberg, Alan M. Stall, Natalie Stanley, Regina Stark, Christina Stehle, Tobit Steinmetz, Hannes Stockinger, Yousuke Takahama, Kiyoshi Takeda, Leonard Tan, Attila Tárnok, Gisa Tiegs, Gergely Toldi, Julia Tornack, Elisabetta Traggiai, Mohamed Trebak, Timothy Tree, Joe Trotter, John Trowsdale, Maria Tsoumakidou, Henning Ulrich, Sophia Urbanczyk, Willem van de Veen, Maries van den Broek, Edwin van der Pol, Sofie Van Gassen, Gert Van Isterdael, René A. W. van Lier, Marc Veldhoen, Salvador Vento‐Asturias, Paulo Vieira, David Voehringer, Hans‐Dieter Volk, Anouk von Borstel, Konrad von Volkmann, Ari Waisman, Rachael Walker, Paul K. Wallace, Sa A. Wang, Xin Wang, Michael D. Ward, Kirsten A. Ward‐Hartstonge, Klaus Warnatz, Gary Warnes, Sarah Warth, Claudia Waskow, James Watson, Carsten Watzl, Leonie Wegener, Thomas Weisenburger, Annika Wiedemann, Jürgen Wienands, Anneke Wilharm, Robert J. Wilkinson, Gerald Willimsky, James B. Wing, Rieke Winkelmann, Thomas Winkler, Oliver F. Wirz, Alicia Y. W. Wong, Peter Wurst, Jennie H. M. Yang, Juhao Yang, Maria Yazdanbakhsh, Liping Yu, Alice Yue, Hanlin Zhang, Yi Zhao, Susanne Ziegler, Christina E. Zielinski, Jakob Zimmermann, Arturo Zychlinsky
Notice bibliographique
RevueEuropean Journal of Immunology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Cell Function and Interaction
Établissements canadiensUniversity of AlbertaInstitute of Infection and ImmunitySimon Fraser UniversityUniversity of ManitobaPrincess Margaret Cancer CentreBC Children's HospitalUniversity of TorontoTerry Fox Research InstituteCaprion (Canada)University of British Columbia
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilNational Cancer InstituteLundbeckfondenNational Institute for Health and Care ResearchKennedy Trust for Rheumatology ResearchFrancis Crick InstituteNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekWellcome Trust
Mots-clésFlow cytometryMass cytometrySortingBiologyCytometryComputational biologyImmunologyComputer scienceData sciencePhenotypeGenetics
Résumé
These guidelines are a consensus work of a considerable number of members of the immunology and flow cytometry community. They provide the theory and key practical aspects of flow cytometry enabling immunologists to avoid the common errors that often undermine immunological data. Notably, there are comprehensive sections of all major immune cell types with helpful Tables detailing phenotypes in murine and human cells. The latest flow cytometry techniques and applications are also described, featuring examples of the data that can be generated and, importantly, how the data can be analysed. Furthermore, there are sections detailing tips, tricks and pitfalls to avoid, all written and peer-reviewed by leading experts in the field, making this an essential research companion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,021
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,031
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,055
Score d'incertitude au seuil0,183
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,021 | 0,031 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,010 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,007 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,009 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,055 | 0,097 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,092
Tête enseignante GPT0,298
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations993
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui