Endogenous retroviral insertions drive non-canonical imprinting in extra-embryonic tissues
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Genomic imprinting is an epigenetic phenomenon that allows a subset of genes to be expressed mono-allelically based on the parent of origin and is typically regulated by differential DNA methylation inherited from gametes. Imprinting is pervasive in murine extra-embryonic lineages, and uniquely, the imprinting of several genes has been found to be conferred non-canonically through maternally inherited repressive histone modification H3K27me3. However, the underlying regulatory mechanisms of non-canonical imprinting in post-implantation development remain unexplored. RESULTS: We identify imprinted regions in post-implantation epiblast and extra-embryonic ectoderm (ExE) by assaying allelic histone modifications (H3K4me3, H3K36me3, H3K27me3), gene expression, and DNA methylation in reciprocal C57BL/6 and CAST hybrid embryos. We distinguish loci with DNA methylation-dependent (canonical) and independent (non-canonical) imprinting by assaying hybrid embryos with ablated maternally inherited DNA methylation. We find that non-canonical imprints are localized to endogenous retrovirus-K (ERVK) long terminal repeats (LTRs), which act as imprinted promoters specifically in extra-embryonic lineages. Transcribed ERVK LTRs are CpG-rich and located in close proximity to gene promoters, and imprinting status is determined by their epigenetic patterning in the oocyte. Finally, we show that oocyte-derived H3K27me3 associated with non-canonical imprints is not maintained beyond pre-implantation development at these elements and is replaced by secondary imprinted DNA methylation on the maternal allele in post-implantation ExE, while being completely silenced by bi-allelic DNA methylation in the epiblast. CONCLUSIONS: This study reveals distinct epigenetic mechanisms regulating non-canonical imprinted gene expression between embryonic and extra-embryonic development and identifies an integral role for ERVK LTR repetitive elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».