Nonequilibrium path-ensemble averages for symmetric protocols
Notice bibliographique
Résumé
According to the nonequilibrium work relations, path-ensembles generated by irreversible processes in which a system is driven out of equilibrium according to a predetermined protocol may be used to compute equilibrium free energy differences and expectation values. Estimation has previously been improved by considering data collected from the reverse process, which starts in equilibrium in the final thermodynamic state of the forward process and is driven according to the time-reversed protocol. Here, we develop a theoretically rigorous statistical estimator for nonequilibrium path-ensemble averages specialized for symmetric protocols, in which forward and reverse processes are identical. The estimator is tested with a number of model systems: a symmetric 1D potential, an asymmetric 1D potential, the unfolding of deca-alanine, separating a host-guest system, and translocating a potassium ion through a gramicidin A ion channel. When reconstructing free energies using data from symmetric protocols, the new estimator outperforms existing rigorous unidirectional and bidirectional estimators, converging more quickly and resulting in a smaller error. However, in most cases, using the bidirectional estimator with data from a forward and reverse pair of asymmetric protocols outperforms the corresponding symmetric protocol and estimator with the same amount of simulation time. Hence, the new estimator is only recommended when the bidirectional estimator is not feasible or is expected to perform poorly. The symmetric estimator shows similar performance to a unidirectional protocol of half the length and twice the number of trajectories.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».