GENE-34. THERAPEUTICALLY TARGETING EPIGENOMIC AND TRANSCRIPTIONAL DYSFUNCTION IN ATRX-DEFICIENT GLIOMA
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Diffusely infiltrating gliomas feature loss-of-function mutations in the chromatin remodeler gene ATRX as defining molecular alterations delineating major adult and pediatric disease subtypes. We recently reported that Atrx deficiency drives glioma-relevant phenotypes, such as increased motility and astrocytic differentiation profiles, by directly modulating epigenomic landscapes and the corresponding transcriptional profiles in glioma cells of origin. In particular, Atrx deficiency was associated with disruptions in H3.3 histone content at key genetic loci. To further understand the downstream epigenomic dysfunction induced by ATRX deficiency, we compared genome-wide chromatin-state maps of Atrx+ and Atrx- primary murine neuroepithelial progenitors (mNPCs). This ChIP–seq analysis revealed major differences in the localization of heterochromatin repressive marks H3K9me3 and H3K27me3. Specifically, we identified peculiar locations in the genome displaying H3K9me3 depletion and gain of H3K27me3 upon Atrx inactivation. Interestingly, these regions were flanked by Atrx binding sites and perfectly co-localized with Lamina-Associated Domains, known to play important roles in tissue lineage specification. To better target this dysfunction, we utilized the Broad Institute Connectivity Map (CLUE analysis) to identify compounds likely to revert the unique transcriptional perturbations induced by Atrx deficiency. We found that HDAC inhibitors, as a compound class, yielded expression profiles strongly anticorrelated to those driven by Atrx deficiency in these datasets. Further integrating existing gene expression data from our mNPCs and the TCGA LGG project with our CLUE findings highlighted SIRT2, a class III HDAC, as a top potential target. SIRT2 expression was significantly upregulated in both Atrx- mNPCs and in ATRX-mutant gliomas and its specific chemical inhibition normalized cellular motility in both Atrx- mNPCs and ATRX-mutant, patient derived glioma stem cells. These findings indicate that SIRT2 inhibition represents a viable strategy to revert the epigenetic effects of ATRX deficiency on facultative heterochromatin and their transcriptional and phenotypic consequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».