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Enregistrement W2985886576 · doi:10.7554/elife.11612.024

Author response: Akt-mTORC1 signaling regulates Acly to integrate metabolic input to control of macrophage activation

2015· peer-review· en· W2985886576 sur OpenAlexaff
Anthony J. Covarrubias, Halil‐Ibrahim Aksoylar, Jiujiu Yu, Nathaniel W. Snyder, Andrew J. Worth, Shankar S. Iyer, Jiawei Wang, Issam Ben‐Sahra, Vanessa Byles, Tiffany Polynne-Stapornkul, Erika C Espinosa, Dudley W. Lamming, Brendan D. Manning, Yijing Zhang, Ian A. Blair, Tiffany Horng

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepeer-review
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune cells in cancer
Établissements canadiensInstitute for Biological Sciences
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésmTORC1PI3K/AKT/mTOR pathwayMacrophage polarizationMacrophageProtein kinase BCell biologyBiologyChemokineSignal transductionImmune systemComputational biologyCancer researchBiochemistryImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Macrophages are immune cells that are found in most of the tissues of the body. Exactly what the macrophages do depends on which tissue they are in, and the state of the tissue. For example, M2 macrophages can multiply in numbers, heal wounds or help to fight off parasites depending on the signals they receive from their environment. Conversely, when macrophages sense pathogens such as bacteria they can also become M1 macrophages, which produce inflammatory molecules that help kill the invading bacteria. As a macrophage transforms into a more specialized state, its metabolism – the set of chemical reactions the cell performs in order to survive and thrive – also changes. This shift appears to play an important role in activating the macrophages and determining how they’ll specialize. However, little is known about how metabolism exerts this control. The metabolism of a cell can be investigated in part by studying the molecules, or “metabolites”, that the cell produces. Covarrubias et al. studied what happens when unspecialized macrophages from mice were activated by a signaling molecule called IL-4. This signaling molecule causes the cells to become M2 macrophages, and the experiments revealed that IL-4 signaling controls the amount of a metabolite called acetyl-CoA in the cells. Acetyl-CoA can influence how the DNA of a gene is packaged in a cell, and thus affect whether a gene is switched on and “expressed” or not. Covarrubias et al. therefore also analyzed a major metabolic sensing pathway – the Akt-mTORC1 pathway – and showed how this pathway was able to act as a nutrient sensor for the macrophage and control the enzyme responsible for making acetyl-CoA. Therefore, the Akt-mTORC1 pathway can control the level of gene expression changes in the macrophages as a result of IL-4 signaling. The analysis showed that the increase in acetyl-CoA levels increases the expression of some of the genes that cause the M2 macrophages to change state and develop their specialist behaviors. However, only a subset of these genes – those that encode metabolically demanding activities such as immune cell trafficking – have their expression controlled in this way. Further studies are now needed to investigate whether other macrophage types use the same pathways to control their responses.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: Autre
Score de désaccord entre enseignants0,151
Score d'incertitude au seuil0,504

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0030,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,1510,062

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,325
Écart entre enseignants0,292 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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