Dietary acrylamide exposure in F344 rats and colon tumor-bearing nude nu/nu mice: Dataset of gene expression of cancer pathway targets and methylation status of tumor suppressor genes in colon mucosae and tumors
Notice bibliographique
Résumé
Dietary acrylamide, a thermally induced food contaminant, at a level (2 mg/kg diet) typifying higher occurrence in certain food products - is neither an independent carcinogen nor a tumor promoter in the colon. This is evidenced by our previous studies using the medium-term azoxymethane (AOM)-induced colon tumorigenesis assay in F344 rats and the human colon tumor xenograft model in athymic nude ( nu/nu ) mice ( https://doi.org/10.1371/journal.pone.0073916 ) [1]. In addition, we found that acrylamide may act as a colon co-carcinogen in association with a known carcinogen (AOM) in F344 rats. Furthermore, exposure to acrylamide at 2 mg/kg in the diet was not associated with any toxicologically relevant changes in clinical biochemistry, hematology, and apical endpoints in healthy rats (exposed only to saline injections) ( https://doi.org/10.1016/j.toxrep.2016.08.010 ) [2]. Here we report data from our previous investigation [1] on gene expression of cancer pathway targets as well as the methylation status of select tumor suppressor genes. Briefly, mRNA and DNA were extracted from (a) colon mucosae and tumors from F344 rats exposed to AOM or saline and (b) athymic nude ( nu/nu ) mice bearing human colon tumor xenografts, both exposed to dietary acrylamide at concentrations of 0 or 2 mg/kg diet for 20 and 4 weeks, respectively. RT 2 Profiler PCR Cancer PathwayFinder Arrays (Qiagen) and EpiTect Methyl II DNA Restriction kits and PCR Assays (Qiagen) were used to detect cancer-relevant gene expression (84 genes representing 9 pathways) and the methylation status of the CpG islands associated with 22 tumor suppressor genes in colon mucosae, tumors and xenografts. Additionally, RT 2 Profiler PCR Arrays (Qiagen) for cell cycle regulation, growth factors, inflammatory cytokines and receptors, and inflammatory response and autoimmunity were used to investigate the gene expression (84 genes in each array) of targets involved in these select cellular pathways in the colon mucosae from AOM-treated F344 rats.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».