TMOD-38. PRODUCTION OF D-2-HYDROXYGLUTARATE IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE LEADS TO GROWTH IMPAIRMENT AND DECREASED SURVIVAL
Notice bibliographique
Résumé
Abstract High levels of D-2-hydroxyglutarate (D2HG) are found in several types of cancers, most notably low grade gliomas (LGGs). The accumulation of D-2HG contributes to tumorigenesis through a variety of mechanisms including decreased utilization of oxidative phosphorylation and histone hypermethylation. The use of the budding yeast Saccharomyces cerevisiae as a model system to study cancer allows for faster, more efficient elucidation of various molecular mechanisms, including functional genomics via genomic array screening. S. cerevisiae encodes two homologs of the human D-2HG dehydrogenase: the mitochondrial Dld2 and cytosolic Dld3. We detected an increase in the production of D-2HG in the dld3∆ knockout strain by LC-MS. In addition, the dld3∆ knockout strain shows decreased survival and a growth impairment in glucose-containing liquid media. However, this strain did not show a significant growth impairment on glucose or glycerol-containing solid media. Using publicly available Synthetic Genomic Array (SGA) analysis data from TheCellMap.org, we investigated the top negative gene interactions for our dld3 knockout strain. GO analysis of these negative gene interactions showed enrichment of targets locating to the mitochondria, suggesting that the increase of 2-HG leads to mitochondrial impairment, consistent with previous observations in other models of LGGs. The top two targets of the SGA screen were mdm35, a mitochondrial interspace membrane protein involved in assembly of the mitochondrial respiratory chain complex and cdc8, a component of the de novo pyrimidine biosynthesis pathway. Taken together, these results suggest that the dld3∆ knockout strain is an appropriate model in which to study the D-2HG-driven changes that occur during tumorigenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».