Genetic variation near CXCL12 is associated with susceptibility to HIV-related non-Hodgkin lymphoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Human immunodeficiency virus (HIV) infection is associated with a substantially increased risk of non-Hodgkin lymphoma (NHL). High plasma viral load, low CD4+ T cell counts and absence of antiretroviral treatment (ART) are known predictive factors for NHL. Even in the era of suppressive ART, HIV-infected individuals remain at increased risk of developing NHL compared to the general population. To search for human genetic determinants of HIV-associated NHL, we performed case-control genome-wide association studies (GWAS) in three cohorts of HIV+ patients of European ancestry and meta-analyzed the results. In total, 278 cases and 1924 matched controls were included. We observed a significant association with NHL susceptibility in the C-X-C motif chemokine ligand 12 ( CXCL12 ) region on chromosome 10. A fine mapping analysis identified rs7919208 as the most likely causal variant (P = 4.77e-11). The G>A polymorphism creates a new transcription factor binding site for BATF and JUND. Analyses of topologically associating domains and promoter capture Hi-C data revealed significant interactions between the rs7919208 region and the promoter of CXCL12 , also known as stromal-derived factor 1 ( SDF-1 ). These results suggest a modulatory role of CXCL12 regulation in the increased susceptibility to NHL observed in the HIV-infected population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».