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Enregistrement W2989788978 · doi:10.1530/rep-19-0293

Blastocyst transfer in mice alters the placental transcriptome and growth

2019· article· en· W2989788978 sur OpenAlexaff
Katerina Menelaou, Malwina Prater, Simon J. Tunster, Georgina E. T. Blake, Colleen Geary Joo, James C. Cross, Russell S. Hamilton, Erica D. Watson

Notice bibliographique

RevueReproduction · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensChristie (Canada)Calgary Laboratory ServicesUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesDivision of Materials ResearchNewnham College, University of CambridgeLister Institute of Preventive MedicineWellcome Trust
Mots-clésBlastocystBiologyDNA methylationTranscriptomeEpigeneticsPlacentaCpG siteAndrologyGeneEmbryoMethylationBisulfite sequencingRegulation of gene expressionGeneticsGene expressionEmbryogenesisFetusPregnancyMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Assisted reproduction technologies (ARTs) are becoming increasingly common. Therefore, how these procedures influence gene regulation and foeto-placental development are important to explore. Here, we assess the effects of blastocyst transfer on mouse placental growth and transcriptome. C57Bl/6 blastocysts were transferred into uteri of B6D2F1 pseudopregnant females and dissected at embryonic day 10.5 for analysis. Compared to non-transferred controls, placentas from transferred conceptuses weighed less even though the embryos were larger on average. This suggested a compensatory increase in placental efficiency. RNA sequencing of whole male placentas revealed 543 differentially expressed genes (DEGs) after blastocyst transfer: 188 and 355 genes were downregulated and upregulated, respectively. DEGs were independently validated in male and female placentas. Bioinformatic analyses revealed that DEGs represented expression in all major placental cell types and included genes that are critical for placenta development and/or function. Furthermore, the direction of transcriptional change in response to blastocyst transfer implied an adaptive response to improve placental function to maintain foetal growth. Our analysis revealed that CpG methylation at regulatory regions of two DEGs was unchanged in female transferred placentas and that DEGs had fewer gene-associated CpG islands (within ~20 kb region) compared to the larger genome. These data suggested that altered methylation at proximal promoter regions might not lead to transcriptional disruption in transferred placentas. Genomic clustering of some DEGs warrants further investigation of long-range, cis-acting epigenetic mechanisms including histone modifications together with DNA methylation. We conclude that embryo transfer, a protocol required for ART, significantly impacts the placental transcriptome and growth.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,053
Score d'incertitude au seuil0,213

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,211 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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