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Enregistrement W2989976667 · doi:10.1016/j.neuroimage.2020.117026

AssemblyNet: A large ensemble of CNNs for 3D whole brain MRI segmentation

2020· preprint· en· W2989976667 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueNeuroImage · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueAdvanced Neural Network Applications
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Center for Research ResourcesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute on Drug AbuseNational Institute of Mental HealthUniversity of California, San DiegoCanadian Institutes of Health ResearchPfizerUniversity of California, Los AngelesMedical Research CouncilNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringJohnson and JohnsonEngineering and Physical Sciences Research CouncilAstraZenecaGenentechU.S. Food and Drug AdministrationAlzheimer's Drug Discovery FoundationNational Institutes of HealthNational Institute on AgingMinisterio de Asuntos Económicos y Transformación Digital, Gobierno de EspañaEisaiStavros Niarchos FoundationChild Mind InstituteNorthern California Institute for Research and EducationCentre National de la Recherche ScientifiqueGE HealthcareAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeScience and Industry Endowment FundSchering-PloughBayer ScheringMinisterio de Economía y CompetitividadMedpaceAbbott LaboratoriesCommonwealth Scientific and Industrial Research OrganisationNational Health and Medical Research CouncilLeon Levy FoundationF. Hoffmann-La RocheCincinnati Children's Hospital Medical CenterAgence Nationale de la RechercheEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentGlaxoSmithKlineBristol-Myers SquibbNational Institute of Child Health and Human DevelopmentEli Lilly and CompanyAlzheimer's AssociationNvidiaInnogeneticsElanNovartisSynarcInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleDana FoundationRoche
Mots-clésComputer scienceArtificial intelligenceRobustness (evolution)SegmentationConvolutional neural networkPattern recognition (psychology)Machine learningConsistency (knowledge bases)VotingDeep learning

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Whole brain segmentation of fine-grained structures using deep learning (DL) is a very challenging task since the number of anatomical labels is very high compared to the number of available training images. To address this problem, previous DL methods proposed to use a single convolution neural network (CNN) or few independent CNNs. In this paper, we present a novel ensemble method based on a large number of CNNs processing different overlapping brain areas. Inspired by parliamentary decision-making systems, we propose a framework called AssemblyNet, made of two "assemblies" of U-Nets. Such a parliamentary system is capable of dealing with complex decisions, unseen problem and reaching a relevant consensus. AssemblyNet introduces sharing of knowledge among neighboring U-Nets, an "amendment" procedure made by the second assembly at higher-resolution to refine the decision taken by the first one, and a final decision obtained by majority voting. During our validation, AssemblyNet showed competitive performance compared to state-of-the-art methods such as U-Net, Joint label fusion and SLANT. Moreover, we investigated the scan-rescan consistency and the robustness to disease effects of our method. These experiences demonstrated the reliability of AssemblyNet. Finally, we showed the interest of using semi-supervised learning to improve the performance of our method.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,717
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,319
Écart entre enseignants0,280 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle