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Enregistrement W2990991051 · doi:10.2174/1567205016666191121142558

Genome-wide Network-assisted Association and Enrichment Study of Amyloid Imaging Phenotype in Alzheimer’s Disease

2019· article· en· W2990991051 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueCurrent Alzheimer Research · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBioinformatics and Genomic Networks
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of California, San DiegoFundamental Research Funds for the Central UniversitiesNational Institutes of HealthServierNational Natural Science Foundation of ChinaEisaiH. Lundbeck A/SU.S. National Library of MedicineIXICONatural Science Foundation of Heilongjiang ProvinceHarbin Engineering UniversityGenentechNorthern California Institute for Research and EducationBiogenMinistry of Education, IndiaBioClinicaPfizerNovartis Pharmaceuticals CorporationEli Lilly and CompanyU.S. Department of DefenseAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeMeso Scale DiagnosticsUniversity of PennsylvaniaUniversity of Southern CaliforniaChangzhou Institute of TechnologyBristol-Myers Squibb
Mots-clésPhenotypeComputational biologyDiseaseGenetic associationBiologyAlzheimer's diseaseGeneticsGenePSEN1Genome-wide association studyBioinformaticsSingle-nucleotide polymorphismAmyloid precursor proteinGenotypeMedicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The etiology of Alzheimer's disease remains poorly understood at the mechanistic level, and genome-wide network-based genetics have the potential to provide new insights into the disease mechanisms. OBJECTIVE: The study aimed to explore the collective effects of multiple genetic association signals on an AV-45 PET measure, which is a well-known Alzheimer's disease biomarker, by employing a network assisted strategy. METHODS: First, we took advantage of a dense module search algorithm to identify modules enriched by genetic association signals in a protein-protein interaction network. Next, we performed statistical evaluation to the modules identified by dense module search, including a normalization process to adjust the topological bias in the network, a replication test to ensure the modules were not found randomly , and a permutation test to evaluate unbiased associations between the modules and amyloid imaging phenotype. Finally, topological analysis, module similarity tests and functional enrichment analysis were performed for the identified modules. RESULTS: We identified 24 consensus modules enriched by robust genetic signals in a genome-wide association analysis. The results not only validated several previously reported AD genes (APOE, APP, TOMM40, DDAH1, PARK2, ATP5C1, PVRL2, ELAVL1, ACTN1 and NRF1), but also nominated a few novel genes (ABL1, ABLIM2) that have not been studied in Alzheimer's disease but have shown associations with other neurodegenerative diseases. CONCLUSION: The identified genes, consensus modules and enriched pathways may provide important clues to future research on the neurobiology of Alzheimer's disease and suggest potential therapeutic targets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,044
Score d'incertitude au seuil0,641

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,048
Tête enseignante GPT0,341
Écart entre enseignants0,293 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle