Le transfert de l’écosystème microbien fécal des oiseaux contribue à l’établissement du microbiote de surface des œufs pondus : application aux oiseaux reproducteurs de poulet de chair
Notice bibliographique
Résumé
Dans la filière avicole de type chair, les bactéries présentes sur la coquille de l’œuf après la ponte sont encore très peu caractérisées, mais elles peuvent avoir des impacts sur la santé du poussin et, ultimement, sur la santé publique. L’objectif de cette étude était de décrire le microbiote fécal des oiseaux reproducteurs de poulet de chair et celui retrouvé à la surface de leurs œufs pondus afin d’évaluer une possible transmission de l’écosystème microbien fécal parental vers la surface de l’œuf. Douze troupeaux d’oiseaux reproducteurs de poulet de chair (Québec, Canada) ont été échantillonnés en deux temps. En utilisant une technologie de séquençage ciblant l’ARN ribosomal 16S des bactéries (la métagénomique 16S), nos analyses ont révélé que la composition et la structure des deux communautés bactériennes étaient significativement différentes (p<0.001). Aussi, le facteur temps (2 périodes d’échantillonnage à intervalle de 4 semaines) et le facteur troupeau (identité du lot d’oiseaux) influençaient significativement (p<0.05) les diversités alpha et beta des microbiotes. Ce sont 1790 unités taxonomiques opérationnelles (OTUs) qui étaient communes aux fèces et aux coquilles d’œufs et ce, indépendamment du moment d’échantillonnage. Des séquences associées à des genres bactériens potentiellement pathogènes et à celles retrouvées dans les flores d’altération, i.e Acinetobacter, Campylobacter, Escherichia/Shigella, Helicobacter, Listeria, Proteus, Pseudomonas, Salmonella et Staphylococcus, étaient également partagées entre les deux types d’échantillons. Aussi, certaines OTUs, très représentées dans le microbiote fécal, n’étaient pas présentes à la surface des œufs, suggérant une sélection lors du transfert et/ou une contamination environnementale. À notre connaissance, il s’agit de la première étude s’appuyant sur la métagénomique 16S à décrire la contribution du transfert de l’écosystème microbien fécal des poules reproductrices à l’établissement du microbiote retrouvé à la surface des œufs pondus, ainsi qu’à caractériser les communautés bactériennes présentes dans les fèces d’oiseaux reproducteurs de poulet de chair et à la surface des œufs pondus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,011 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».