Le transfert de l’écosystème microbien fécal des oiseaux contribue à l’établissement du microbiote de surface des œufs pondus : application aux oiseaux reproducteurs de poulet de chair
Bibliographic record
Abstract
Dans la filière avicole de type chair, les bactéries présentes sur la coquille de l’œuf après la ponte sont encore très peu caractérisées, mais elles peuvent avoir des impacts sur la santé du poussin et, ultimement, sur la santé publique. L’objectif de cette étude était de décrire le microbiote fécal des oiseaux reproducteurs de poulet de chair et celui retrouvé à la surface de leurs œufs pondus afin d’évaluer une possible transmission de l’écosystème microbien fécal parental vers la surface de l’œuf. Douze troupeaux d’oiseaux reproducteurs de poulet de chair (Québec, Canada) ont été échantillonnés en deux temps. En utilisant une technologie de séquençage ciblant l’ARN ribosomal 16S des bactéries (la métagénomique 16S), nos analyses ont révélé que la composition et la structure des deux communautés bactériennes étaient significativement différentes (p<0.001). Aussi, le facteur temps (2 périodes d’échantillonnage à intervalle de 4 semaines) et le facteur troupeau (identité du lot d’oiseaux) influençaient significativement (p<0.05) les diversités alpha et beta des microbiotes. Ce sont 1790 unités taxonomiques opérationnelles (OTUs) qui étaient communes aux fèces et aux coquilles d’œufs et ce, indépendamment du moment d’échantillonnage. Des séquences associées à des genres bactériens potentiellement pathogènes et à celles retrouvées dans les flores d’altération, i.e Acinetobacter, Campylobacter, Escherichia/Shigella, Helicobacter, Listeria, Proteus, Pseudomonas, Salmonella et Staphylococcus, étaient également partagées entre les deux types d’échantillons. Aussi, certaines OTUs, très représentées dans le microbiote fécal, n’étaient pas présentes à la surface des œufs, suggérant une sélection lors du transfert et/ou une contamination environnementale. À notre connaissance, il s’agit de la première étude s’appuyant sur la métagénomique 16S à décrire la contribution du transfert de l’écosystème microbien fécal des poules reproductrices à l’établissement du microbiote retrouvé à la surface des œufs pondus, ainsi qu’à caractériser les communautés bactériennes présentes dans les fèces d’oiseaux reproducteurs de poulet de chair et à la surface des œufs pondus.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.002 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.001 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".