Evolutionary Outcomes of Diversely Functionalized Aptamers Isolated from <i>in Vitro</i> Evolution
Notice bibliographique
Résumé
Expanding the chemical diversity of aptamers remains an important thrust in the field in order to increase their functional potential. Previously, our group developed LOOPER, which enables the incorporation of up to 16 unique modifications throughout a ssDNA sequence, and applied it to the in vitro evolution of thrombin binders. As LOOPER-derived highly modified nucleic acids polymers are governed by two interrelated evolutionary variables, namely, functional modifications and sequence, the evolution of this polymer contrasts with that of canonical DNA. Herein we provide in-depth analysis of the evolution, including structure–activity relationships, mapping of evolutionary pressures on the library, and analysis of plausible evolutionary pathways that resulted in the first LOOPER-derived aptamer, TBL1. A detailed picture of how TBL1 interacts with thrombin and how it may mimic known peptide binders of thrombin is also proposed. Structural modeling and folding studies afford insights into how the aptamer displays critical modifications and also how modifications enhance the structural stability of the aptamer. A discussion of benefits and potential limitations of LOOPER during in vitro evolution is provided, which will serve to guide future evolutions of this highly modified class of aptamers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».