MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2991808555 · doi:10.7554/elife.49298

Differences in topological progression profile among neurodegenerative diseases from imaging data

2019· article· en· W2991808555 sur OpenAlexfundno aff
Sara Garbarino, Marco Lorenzi, Neil P. Oxtoby, Elisabeth J. Vinke, Razvan Marinescu, Arman Eshaghi, M. Arfan Ikram, Wiro J. Niessen, Olga Ciccarelli, Frederik Barkhof, Jonathan M. Schott, Meike W. Vernooij, Daniel C. Alexander

Notice bibliographique

RevueeLife · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueTopological and Geometric Data Analysis
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEngineering and Physical Sciences Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchHorizon 2020 Framework ProgrammeNational Institutes of HealthGenentechIXICOH. Lundbeck A/SServierEisaiAgence Nationale de la RechercheWeston Brain InstituteNational Institute on AgingNational Institute for Health and Care ResearchNorthern California Institute for Research and EducationBioClinicaBiogenPfizerNovartis Pharmaceuticals CorporationAlzheimer's AssociationUniversité Côte d’AzurEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbUniversity College London Hospitals NHS Foundation TrustJanssen Alzheimer Immunotherapy Research And DevelopmentEuropean CommissionAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeMeso Scale DiagnosticsMichael J. Fox Foundation for Parkinson's Research
Mots-clésCohortDiseaseNeurodegenerationAtrophyTopological data analysisTopology (electrical circuits)BiologyNeuroscienceMedicinePathologyComputer scienceMathematicsAlgorithm

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The spatial distribution of atrophy in neurodegenerative diseases suggests that brain connectivity mediates disease propagation. Different descriptors of the connectivity graph potentially relate to different underlying mechanisms of propagation. Previous approaches for evaluating the influence of connectivity on neurodegeneration consider each descriptor in isolation and match predictions against late-stage atrophy patterns. We introduce the notion of a topological profile — a characteristic combination of topological descriptors that best describes the propagation of pathology in a particular disease. By drawing on recent advances in disease progression modeling, we estimate topological profiles from the full course of pathology accumulation, at both cohort and individual levels. Experimental results comparing topological profiles for Alzheimer’s disease, multiple sclerosis and normal ageing show that topological profiles explain the observed data better than single descriptors. Within each condition, most individual profiles cluster around the cohort-level profile, and individuals whose profiles align more closely with other cohort-level profiles show features of that cohort. The cohort-level profiles suggest new insights into the biological mechanisms underlying pathology propagation in each disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,010
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,010
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0060,003
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,282
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueeLifeMême sujetTopological and Geometric Data AnalysisTravaux en français237 207