Effet de l'arrêt du ceftiofur et son remplacement par la lincomycine-spectinomycine sur les gènes de bêta-lactamase à spectre étendu ESBL/AmpC et sur la multirésistance chez les Escherichia coli provenant d'une chaîne de production aviaire pyramidale au Canada
Notice bibliographique
Résumé
Le ceftiofur, un antimicrobien de la classe des céphalosporines, a été utilisé systématiquement dans les couvoirs canadiens pour prévenir les mortalités en début d’élevage, causant une prévalence élevée d’Escherichia coli résistants aux céphalosporines chez les poulets de chair. L’utilisation préventive du ceftiofur a cessé en 2014. Nous avons examiné l’effet de son administration, de l’arrêt de tout antimicrobien au couvoir et du remplacement par la lincomycine-spectinomycine sur la proportion d’échantillon d’E. coli positifs à des gènes de β-lactamases à spectre étendu (ESBL) et de β-lactamases AmpC, ainsi que sur les profils de multirésistance des E. coli ESBL/AmpC chez des poulets de chair et leurs reproducteurs, un an après l’arrêt. Pour les E. coli indicateurs provenant de milieux non-enrichis avec du ceftriaxone, une diminution significative de la proportion d’échantillons possédant les gènes blaCMY-2 et/ou blaCTX-M a été observée suivant l’arrêt. En revanche, suite à l’enrichissement au ceftriaxone, facilitant la détection d’E. coli producteurs d’ESBL/AmpC, 99% des échantillons avant et après l’arrêt de ceftiofur possédaient des E. coli positifs pour blaCMY-2 ou blaCTX-M. Les troupeaux recevant la lincomycine-spectinomycine après l’arrêt du ceftiofur ont démontré une non-susceptibilité significativement accrue pour les classes des aminoglycosides, inhibiteurs de folate, phénicols, tétracyclines et pour les isolats d’E. coli possiblement extensivement résistants comparativement aux troupeaux recevant le ceftiofur ou aucun antimicrobien au couvoir. Cette étude démontre clairement une diminution initiale des E. coli positifs pour des ESBL/AmpC suite à l’arrêt du ceftiofur mais également une augmentation de la multirésistance aux différentes classes d’antimicrobien testées chez les E. coli suivant le remplacement avec la lincomycine-spectinomycine.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».