Effet de l'arrêt du ceftiofur et son remplacement par la lincomycine-spectinomycine sur les gènes de bêta-lactamase à spectre étendu ESBL/AmpC et sur la multirésistance chez les Escherichia coli provenant d'une chaîne de production aviaire pyramidale au Canada
Bibliographic record
Abstract
Le ceftiofur, un antimicrobien de la classe des céphalosporines, a été utilisé systématiquement dans les couvoirs canadiens pour prévenir les mortalités en début d’élevage, causant une prévalence élevée d’Escherichia coli résistants aux céphalosporines chez les poulets de chair. L’utilisation préventive du ceftiofur a cessé en 2014. Nous avons examiné l’effet de son administration, de l’arrêt de tout antimicrobien au couvoir et du remplacement par la lincomycine-spectinomycine sur la proportion d’échantillon d’E. coli positifs à des gènes de β-lactamases à spectre étendu (ESBL) et de β-lactamases AmpC, ainsi que sur les profils de multirésistance des E. coli ESBL/AmpC chez des poulets de chair et leurs reproducteurs, un an après l’arrêt. Pour les E. coli indicateurs provenant de milieux non-enrichis avec du ceftriaxone, une diminution significative de la proportion d’échantillons possédant les gènes blaCMY-2 et/ou blaCTX-M a été observée suivant l’arrêt. En revanche, suite à l’enrichissement au ceftriaxone, facilitant la détection d’E. coli producteurs d’ESBL/AmpC, 99% des échantillons avant et après l’arrêt de ceftiofur possédaient des E. coli positifs pour blaCMY-2 ou blaCTX-M. Les troupeaux recevant la lincomycine-spectinomycine après l’arrêt du ceftiofur ont démontré une non-susceptibilité significativement accrue pour les classes des aminoglycosides, inhibiteurs de folate, phénicols, tétracyclines et pour les isolats d’E. coli possiblement extensivement résistants comparativement aux troupeaux recevant le ceftiofur ou aucun antimicrobien au couvoir. Cette étude démontre clairement une diminution initiale des E. coli positifs pour des ESBL/AmpC suite à l’arrêt du ceftiofur mais également une augmentation de la multirésistance aux différentes classes d’antimicrobien testées chez les E. coli suivant le remplacement avec la lincomycine-spectinomycine.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.003 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".