Assembly ASM291031v2 (Genbank: GCA_002910315.2) identified as assembly of the Northern Dolly Varden (Salvelinus malma malma) genome, and not the Arctic char (S. alpinus) genome
Notice bibliographique
Résumé
To date, twelve complete genomes representing eleven species belonging to six genera have been sequenced in salmonids. For the genus Salvelinus, it was supposed to sequence the genome of Arctic char, one of the most variable species of vertebrate animals. Sequencing was carried out (Christensen et al., 2018) using the tissues of the female IW2-2015 obtained from the company engaged in industrial aquaculture of chars - Icy Waters Ltd. The company exploits two of its own broodstocks - NL and TR, originating from the chars from the Nauyuk Lake and the Tree River (Nunavut, Canada). Since the complete mitochondrial genome of the female IW2-2015 was absent in the published assembly ASM291031v2, we determined its type and complete sequence from the sequence read archives taken from Genbank. It was found that the female's mitogenome belongs to the BERING haplogroup, which is characteristic of Northern Dolly Varden S. malma malma. Analysis of other unlinked diagnostic loci encoded by nuclear DNA (ITS1, RAG1, SFO-12, SFO-18, SMM-21) also revealed distinctive characters of Northern Dolly Varden in female IW2-2015. It was concluded that the genomic assembly ASM291031v2 was obtained not from an individual of Arctic char S. alpinus, but from an individual of a related species - Northern Dolly Varden S. malma malma. The identical to the IW2-2015 female characteristics of diagnostic loci were found in other individuals from the broodstock TR. Apparently, the broodstock TR is entirely a strain derived from Northern Dolly Varden. Since assembly ASM291031v2 was obtained from a specimen originated from the marginal population of Northern Dolly Varden (Tree R.) isolated from the main range of the species and with some traces of introgressive hybridization, this assembly can hardly be considered as a description of a typical genome of S. malma malma.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».