PSVI-15 Transcriptome analysis of ileal lymph nodes identifies key microRNAs affecting disease progression in Holstein cows with subclinical Johne’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Johne’s disease (JD) is a chronic enteric disease of ruminants caused by Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis (MAP) but immune and metabolic mechanisms affecting JD progression have not been clearly elucidated. MicroRNAs (miRNA) have been reported to play important roles in numerous biological processes by regulating gene expression. In this study, miRNA expression in ileal lymph nodes (ILLN) from MAP positive (JD subclinical stage) Holstein cows (n = 5) and MAP negative cows (n = 5) were characterized by high throughput sequencing. MiRNA-sequence data was processed using a standard pipeline followed by functional enrichment with ClueGo app in Cytoscape. Among 324 expressed miRNAs, 37 were differently expressed (DE) (18 up-regulated and 19 down-regulated) in MAP infected cows relative to MAP negative cows. Bta-miR-100 (fold change = -2.29), a down-regulated miRNA, has previously been associated with Streptococcus uberis and MAP infections in cows, while bta-miR-330 (fold change = 63.42), the most up-regulated miRNA, was previously reported to be present in the sera of MAP infected calves. Predicted target genes of 37 DE miRNAs were enriched (P < 0.05) in gene ontology terms related to metabolic, cellular and developmental processes, and immune system development, as well as pathways related to cancer and Th17 cell differentiation, and lysosome compartmentalization. This suggests that miRNAs DE following MAP infection may be involved in regulating a wide variety of processes. In addition, 5 DE miRNAs were negatively correlated (P < 0.05) with 39 DE mRNAs (mRNAs expressed in the same tissue), comprising 42 negatively correlated DE miRNA-mRNA pairs. Bta-miR-2447 was negatively correlated with 29 DE mRNAs, suggesting it may be an important hub miRNA in the regulation of MAP infection in ILLN tissue. Our data thus suggest that bta-miR-100, bta-miR-330 and bta-miR-2447, which are implicated in the Th17 cell differentiation pathway, may be key regulators of the host response during MAP infection in ILLN.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».