Abstract B46: Targeting pancreatic cancer organoids with dual BET and CBP/P300 inhibitor NEO2734
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDA) has a dismal prognosis due to largely ineffective therapeutics available for this disease. Recently, inhibitors of bromodomain and extraterminal domain (BET) inhibitors have been shown to have therapeutic efficacy against various malignancies, including PDA. Here we present data on sensitivity of PDA patient-derived organoids (PDO) to a novel dual BET and CBP/P300 inhibitor, NEO2734 (Epigene Therapeutics Inc.). Our cell viability screen on a panel of 30 PDOs derived from PDA patient and xenograft tumor tissue revealed differential drug sensitivities to NEO2734 inhibitor. Antitumor effect of NEO2734 on the most sensitive PPTO.2 model was further confirmed in vivo using patient-derived xenograft PPTO.2 model. To identify potential biomarkers associated with differential sensitivities of PDA PDOs to NEO2734 inhibitor, we generated gene expression profiles from 13 PDOs derived from primary patient tumors. Using the probabilistic concordance index (C-index), 13 genes (Bonferroni corrected P<1.0E-10) were identified as potential therapeutic targets. Among the biomarkers identified, we found three associations with known BET inhibitor target genes, including CA9 (C-index= 0.38, PBonferroni= 2.7E-19), which is known to be downregulated by BET inhibitor and coexpressed with the target gene BRDT. Furthermore, the biomarker SLC7A2 (0.28, 3.4E-37) has a known genetic interaction with BRD4, and ABCB6 (0.31, 1.5E-27) is predicted to be coexpressed with CREBBP. Overall, this work reveals that dual BET and CBP/P300 inhibitor, NEO2734, could be a novel therapeutic option for a subset of PDA patients. Citation Format: Nikolina Radulovich, Laura Tamblyn, Heewon Seo, Benjamin Haibe-Kains, Mathieu Lupien, Francis Gilles, Ming S. Tsao. Targeting pancreatic cancer organoids with dual BET and CBP/P300 inhibitor NEO2734 [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on Pancreatic Cancer: Advances in Science and Clinical Care; 2019 Sept 6-9; Boston, MA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2019;79(24 Suppl):Abstract nr B46.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».