COMPARATIVE MITO-GENOMIC ANALYSIS OF DIFFERENT SPECIES OF GENUS CANIS BY USING DIFFERENT BIOINFORMATICS TOOLS
Notice bibliographique
Résumé
In the current study, the mitochondrial gene sequences for COI, Cyt b and 16s rRNA of seven species found in different parts of the world were retrieved from NCBI Gene Bank.While, PCR products of COI, Cyt b and 16s rRNA genes obtained from C. lupus and C. aureus present in Pakistan were sequenced and aligned for comparison.The phylogenetic analysis of mitochondrial COI, Cyt b and 16s rRNA genes showed almost the same results for the extant species of genus Canis.16s rRNA revealed C. latrans, C. lycaon and C. simensis showed close phylogenetic relation with each other.While, COI and Cyt b showed wider genetic distance.Cyt b and 16s rRNA analysis indicated C. mesomelas and C. adustus as sister taxa, while COI also proved the same phylogenetic association.COI and 16s rRNA revealed the least genetic distance between C. aureus and C. lycaon while Cyt b showed more genetic distance.COI, 16s rRNA analysis determined close phylogenetic relations between C. lupus and C. lycaon while Cyt b showed greater phylogenetic distinction between these two species.Cyt b and 16s rRNA revealed no genetic distance between C. latrans and C. lycaons while COI analysis identified both as genetically distant.Finally, COI, 16s rRNA successfully determined the phylogenetic association between C. aureus and C. adustus but Cyt b clarified more with higher genetic distance.In conclusion, 16s rRNA revealed least genetic distance while Cyt b showed higher genetic distance which suggests its potential use for species delineation, especially for mammals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».