Interpretation of somatic <i>POLE</i> mutations in endometrial carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Pathogenic somatic missense mutations within the DNA polymerase epsilon (POLE) exonuclease domain define the important subtype of ultramutated tumours ('POLE-ultramutated') within the novel molecular classification of endometrial carcinoma (EC). However, clinical implementation of this classifier requires systematic evaluation of the pathogenicity of POLE mutations. To address this, we examined base changes, tumour mutational burden (TMB), DNA microsatellite instability (MSI) status, POLE variant frequency, and the results from six in silico tools on 82 ECs with whole-exome sequencing from The Cancer Genome Atlas (TCGA). Of these, 41 had one of five known pathogenic POLE exonuclease domain mutations (EDM) and showed characteristic genomic alterations: C>A substitution > 20%, T>G substitutions > 4%, C>G substitutions < 0.6%, indels < 5%, TMB > 100 mut/Mb. A scoring system to assess these alterations (POLE-score) was developed; based on their scores, 7/18 (39%) additional tumours with EDM were classified as POLE-ultramutated ECs, and the six POLE mutations present in these tumours were considered pathogenic. Only 1/23 (4%) tumours with non-EDM showed these genomic alterations, indicating that a large majority of mutations outside the exonuclease domain are not pathogenic. The infrequent combination of MSI-H with POLE EDM led us to investigate the clinical significance of this association. Tumours with pathogenic POLE EDM co-existent with MSI-H showed genomic alterations characteristic of POLE-ultramutated ECs. In a pooled analysis of 3361 ECs, 13 ECs with DNA mismatch repair deficiency (MMRd)/MSI-H and a pathogenic POLE EDM had a 5-year recurrence-free survival (RFS) of 92.3%, comparable to previously reported POLE-ultramutated ECs. Additionally, 14 cases with non-pathogenic POLE EDM and MMRd/MSI-H had a 5-year RFS of 76.2%, similar to MMRd/MSI-H, POLE wild-type ECs, suggesting that these should be categorised as MMRd, rather than POLE-ultramutated ECs for prognostication. This work provides guidance on classification of ECs with POLE mutations, facilitating implementation of POLE testing in routine clinical care. © 2019 The Authors. The Journal of Pathology published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of Pathological Society of Great Britain and Ireland.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».