Reconciling early-outbreak estimates of the basic reproductive number and its uncertainty: framework and applications to the novel coronavirus (SARS-CoV-2) outbreak
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A novel coronavirus (SARS-CoV-2) has recently emerged as a global threat. As the epidemic progresses, many disease modelers have focused on estimating the basic reproductive number ℛ 0 – the average number of secondary cases caused by a primary case in an otherwise susceptible population. The modeling approaches and resulting estimates of ℛ 0 vary widely, despite relying on similar data sources. Here, we present a novel statistical framework for comparing and combining different estimates of ℛ 0 across a wide range of models by decomposing the basic reproductive number into three key quantities: the exponential growth rate r , the mean generation interval , and the generation-interval dispersion κ . We then apply our framework to early estimates of ℛ 0 for the SARS-CoV-2 outbreak. We show that many early ℛ 0 estimates are overly confident. Our results emphasize the importance of propagating uncertainties in all components of ℛ 0 , including the shape of the generation-interval distribution, in efforts to estimate ℛ 0 at the outset of an epidemic.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».