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Enregistrement W3005108311 · doi:10.1101/2020.02.05.923433

RASSF effectors couple diverse RAS subfamily GTPases to the Hippo pathway

2020· preprint· en· W3005108311 sur OpenAlexafffund
Thillaivillalan Dhanaraman, Swati Singh, Ryan C. Killoran, Anamika Singh, Xingjian Xu, Julia M. Shifman, Matthew J. Smith

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueHippo pathway signaling and YAP/TAZ
Établissements canadiensUniversité de MontréalInstitute for Research in Immunology and Cancer
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaFonds de recherche du Québec – Nature et technologiesCanadian Cancer Society Research InstituteCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésGTPaseEffectorYAP1HRASSubfamilyHippo signaling pathwayBiologyCell biologyKinaseAnti-apoptotic Ras signalling cascadeKRASBiochemistryMutationMAPK/ERK pathwayTranscription factorGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Activated RAS GTPases signal by directly binding effector proteins. Effectors have a folded RAS association (RA) domain that binds exclusively to GTP-loaded RAS, but the specificity of most RA domains for >150 RAS superfamily GTPases is unknown. Ten RAS-association domain family (RASSF) proteins comprise the largest group of effectors, proposed to couple RAS to the pro-apoptotic Hippo pathway. We show that RASSF1-6 complex with Hippo kinase, while RASSF7-10 are a separate family related to p53-regulatory ASPP effectors. Only RASSF5 directly binds activated HRAS and KRAS. Structural modelling reveals that expansion of RASSFs in vertebrates included amino acid substitutions that alter their GTPase binding specificity. We demonstrate that the tumour suppressor RASSF1A complexes with the GTPases GEM, REM1, REM2 and the enigmatic RASL12. Interplay between RASSFs and RAS GTPases can drastically restrict YAP1 nuclear localization. Thus, these simple scaffolds can link activation of diverse RAS proteins to Hippo or p53 regulation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,202 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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