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Enregistrement W3005314832 · doi:10.1101/2020.02.07.939504

A fast genetically encoded fluorescent sensor for faithful <i>in vivo</i> acetylcholine detection in mice, fish, worms and flies

2020· preprint· en· W3005314832 sur OpenAlexaff
Philip M. Borden, Peng Zhang, Amol V. Shivange, Jonathan S. Marvin, Joseph Cichon, Chuntao Dan, Kaspar Podgorski, Antonio Figueiredo, Ondřej Novák, Masashi Tanimoto, Eiji Shigetomi, Mark A. Lobas, Hyun-Tae Kim, Paula K. Zhu, Yajun Zhang, Wan Zheng, Chengcheng Fan, Guangfu Wang, Bowen Xiang, L. H. Gan, Guang‐Xian Zhang, Kaiming Guo, Lin Li, Yuan Cai, Andrew G. Yee, Abhi Aggarwal, Christopher Ford, Douglas C. Rees, Dirk Dietrich, Baljit S. Khakh, Jeremy S. Dittman, Wen‐Biao Gan, Minoru Koyama, Vivek Jayaraman, Joseph F. Cheer, Henry A. Lester, Loren L. Looger

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueNicotinic Acetylcholine Receptors Study
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesSLAC National Accelerator LaboratoryBasic Energy SciencesOffice of International Science and EngineeringNational Institute of General Medical SciencesJapan Society for the Promotion of ScienceOffice of ScienceNational Institutes of HealthBiological and Environmental ResearchNational Natural Science Foundation of ChinaDeutsches Zentrum für Neurodegenerative ErkrankungenDeutsche ForschungsgemeinschaftNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionAlzheimer's AssociationU.S. Department of EnergyCalifornia Institute of TechnologyHoward Hughes Medical InstituteTobacco-Related Disease Research ProgramGordon and Betty Moore Foundation
Mots-clésAcetylcholineCholinergicIn vivoFluorescenceGreen fluorescent proteinBiologyFish <Actinopterygii>Fluorescent proteinCell biologyPeriplasmic spaceBiochemistryGeneGeneticsNeurosciencePharmacologyEscherichia coliFishery

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Here we design and optimize a genetically encoded fluorescent indicator, iAChSnFR, for the ubiquitous neurotransmitter acetylcholine, based on a bacterial periplasmic binding protein. iAChSnFR shows large fluorescence changes, rapid rise and decay kinetics, and insensitivity to most cholinergic drugs. iAChSnFR revealed large transients in a variety of slice and in vivo preparations in mouse, fish, fly and worm. iAChSnFR will be useful for the study of acetylcholine in all animals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,224
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations93
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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