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Enregistrement W3005698181 · doi:10.1038/s43018-020-0026-6

Imaging mass cytometry and multiplatform genomics define the phenogenomic landscape of breast cancer

2020· article· en· W3005698181 sur OpenAlexaff
H. Raza Ali, Hartland W. Jackson, Vito Riccardo Tomaso Zanotelli, Esther Danenberg, Jana Fischer, Helen Bardwell, Elena Provenzano, M. Al Sa’d, Shahar Alon, Samuel Aparício, Giorgia Battistoni, Shankar Balasubramanian, Robert Becker, E. S. Boyden, Dario Bressan, Alejandra Bruna, B. Marcel, Carlos Caldas, Maurizio Callari, Ian G. Cannell, Helen Casbolt, N. Chornay, Yi Cui, A. Dariush, K. Dinh, A. Emenari, Y. Eyal-Lubling, Jean Fan, Edward A. Fisher, E. A. González-Solares, C. Gónzalez-Fernández, Daniel Goodwin, Wendy Greenwood, Francesco Grimaldi, Gregory J. Hannon, Opusunju Boma Harris, Shelley Harris, Cristina Jauset, Johanna A. Joyce, Emmanouil D. Karagiannis, Tatjana Kovačević, Laura Kuett, Russell Kunes, A. Yoldaş, Dongbing Lai, Emma Laks, Hsuan Lee, M. Lee, Giulia Lerda, Y. Li, Andrew McPherson, Neal L. Millar, Claire M. Mulvey, Fiona Nugent, Ciara H. O’Flanagan, Marta Pàez‐Ribes, I. Pearsall, Fatime Qosaj, Andrew Roth, Oscar M. Rueda, Tamara Ruiz, Kirsty Sawicka, Leonardo A. Sepúlveda, Sohrab P. Shah, Abigail Shea, Anubhav Sinha, Adrian L. Smith, Simon Tavaré, Sandra Tietscher, Ignacio Vázquez-Garćıa, Siegfried Vogl, N. A. Walton, Asmamaw T. Wassie, Spencer S. Watson, Sonja Wild, Elena Williams, Jonas Windhager, C. Xia, Ping Zheng, Xiaowei Zhuang, Suet‐Feung Chin

Notice bibliographique

RevueNature Cancer · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaProvincial Health Services Authority
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute for Health and Care ResearchCancer Research UK
Mots-clésPhenotypeBreast cancerBiologyMass cytometryContext (archaeology)GenomicsComputational biologyCancerCellTranscriptomeStromal cellCancer researchGenomeGeneticsGene expressionGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations332
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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