Emerging viruses in British Columbia salmon discovered via a viral immune response biomarker panel and metatranscriptomic sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The emergence of infectious agents poses a continual economic and environmental challenge to aquaculture production, yet the diversity, abundance and epidemiology of aquatic viruses are poorly characterised. In this study, we applied salmon host transcriptional biomarkers to identify and select fish in a viral disease state but only those that we also showed to be negative for established viruses. This was followed by metatranscriptomic sequencing to determine the viromes of dead and dying farmed Atlantic ( Salmo salar ) and Chinook ( Oncorhynchus tshawytscha ) salmon in British Columbia. We found that the application of the biomarker panel increased the probability of discovering viruses in aquaculture populations. We discovered viruses that have not previously been characterized in British Columbian Atlantic salmon farms. To determine the epidemiology of the newly discovered or emerging viruses we conducted high-throughput RT-PCR to reveal their prevalence in British Columbia (BC), and detected some of the viruses we first discovered in farmed Atlantic salmon in Chinook and sockeye salmon, suggesting a broad host range. Finally, we applied in-situ hybridisation to confirm infection and explore the tissue tropism of each virus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».