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Enregistrement W3007745241 · doi:10.1101/2020.02.21.958801

Prognostic significance of <i>SOCS1</i> and <i>SOCS3</i> tumor suppressors in hepatocellular carcinoma and its correlation to key oncogenic signaling pathways

2020· preprint· en· W3007745241 sur OpenAlexafffund
Md Gulam Musawwir Khan, Amit Ghosh, Bhavesh Varia, Madanraj Appiya Santharam, Awais Ullah Ihsan, Sheela Ramanathan, Subburaj Ilangumaran

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCytokine Signaling Pathways and Interactions
Établissements canadiensCentre Hospitalier Universitaire de SherbrookeUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesFonds de recherche du Québec – Nature et technologiesFonds de Recherche du Québec - SantéUniversité de Sherbrooke
Mots-clésSOCS3Suppressor of cytokine signaling 1Hepatocellular carcinomaCancer researchBiologySOCS2Suppressor of cytokine signallingSignal transductionGeneSuppressorCell biologySTAT3Genetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Suppressor of cytokine signaling (SOCS) proteins SOCS1 and SOCS3 are considered tumor suppressors in liver hepatocellular carcinoma (LIHC). To gain insight into the underlying molecular mechanisms, the expression of SOCS1/ SOCS3 was evaluated in The Cancer Genome Atlas LIHC dataset along with key oncogenic signaling pathway genes. SOCS1 expression was not significantly reduced in HCC yet higher expression predicted favorable prognosis, whereas SOCS3 lacked predictive potential despite lower expression. Only a small proportion of the cell cycle, receptor tyrosine kinase, growth factor and RAS-RAF-MEK-MAPK signaling genes negatively correlated with SOCS1 or SOCS3 , of which even fewer showed elevated expression in HCC and predicted survival. However, many PI3K-AKT-MTOR pathway genes showed mutual exclusivity with SOCS1 / SOCS3 and displayed independent predictive ability. Among genes that negatively correlated with SOCS1 / SOCS3, CDK2, MLST8, AURKA, MAP3K4 and RPTOR showed corresponding modulations in the livers of mice lacking Socs1 or Socs3 during liver regeneration and in experimental HCC, and in Hepa1-6 murine HCC cells overexpressing SOCS1/SOCS3. However, Cox proportional hazards model identified CXCL8, DAB2 and PIK3R1 as highly predictive in combination with SOCS1 or SOCS3 . These data suggest that developing prognostic biomarkers and precision treatment strategies based on SOCS1/SOCS3 expression need careful testing in different patient cohorts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,050
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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