Evaluation of RNA-sequencing (RNA-seq) signatures with pembrolizumab (pembro) in patients (pts) with renal cell carcinoma (RCC) from KEYNOTE-427 cohort A.
Notice bibliographique
Résumé
729 Background: We evaluated the association (assoc) of baseline RNA-seq–based signatures with response/resistance to pembro from the phase 2 KEYNOTE-427 study (NCT02853344) in pts with advanced clear cell RCC enrolled in cohort A (n = 110). Methods: In pembro-treated pts with RNA-seq and clinical data (N = 78), we analyzed the assoc of signatures (18-gene tumor T-cell–inflamed GEP; 10 non–T-cell–inflamed GEP canonical signatures [angiogenesis, gMDSC, glycolysis, hypoxia, mMDSC, MYC, proliferation, RAS, stromal/EMT/TGFβ, WNT]) quantifying the TME with clinical outcomes. Canonical signatures were derived from 2 databases (TCGA, Moffit) using an algorithm that included genes based on their correlation to reference signatures in the literature. Signature definitions were finalized before linking to the clinical data, and significance was prespecified at 0.10 given the potential for limited power. Canonical signatures were also analyzed through regression testing of response and the residuals of consensus signatures after adjusting for T-cell–inflamed GEP and IMDC scores in the model. P values were adjusted for multiplicity. Database cutoff date for clinical data: March 12, 2019. Results: Pt characteristics for this analysis were similar to those of the overall cohort A population. T-cell–inflamed GEP was statistically significantly assoc with ORR ( P = 0.021) but not PFS ( P = 0.116). When adjusting for PD-L1 expression (CPS by IHC) and IMDC scores, T-cell–inflamed GEP remained statistically significantly assoc with ORR ( P = 0.059). The angiogenesis signature was not assoc with response. PD-L2 RNA-seq expression was not assoc with response with multiplicity-adjusted P values. Like PD-L1 IHC, PD-L2 RNA-seq expression moderately correlated with T-cell–inflamed GEP and did not show independent predictive value when adjusted for T-cell–inflamed GEP and IMDC scores. Conclusions: RNA-seq–based, T-cell–inflamed GEP was assoc with ORR in pts with clear cell RCC receiving first-line pembro monotherapy; no canonical signatures showed statistical significance. Future directions for these data include whole exome sequencing analysis. Clinical trial information: NCT02853344.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Observationnel | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Observationnel | low |
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».