[Rotavirus G9-Ⅵ Re-emerging and Circulating Predominantly in Children with Diarrhea in Beijing].
Notice bibliographique
Résumé
The first reported group A rotavirus(RVA)G9 strain T203 in mainland China detected from an infant in Beijing in 1994 clustered within VP7 lineage Ⅵ(G9-Ⅵ),whereas the common RVA G9 belong to VP7 lineage Ⅲ(G9-Ⅲ) worldwide. Interestingly, since it was first reported in 1994 there was no G9-Ⅵ circulating in Beijing, until an unexpected G9-Ⅵ strain was identified by sequencing in 2010 RVA surveillance. This present study was to develop a convenient and effective dot-blot hybridization method for differentiating G9-Ⅲ and G9-Ⅵ rotaviruses, to investigate the re-emerging circulating distribution of G9-Ⅵ RVAs in outpatient children with diarrhea from 2011 to 2012in Beijing. By multiple-sequence aligning and analyzing the collected VP7 gene nucleotide sequences of G9 RVAs worldwide from GenBank database using Clustal W software, a region within VP7 gene which is highly divergent between G9-Ⅲ and G9-Ⅵ rotaviruses and conserved within themselves was selected as probe. One pair of common primers at both side of this probe region was designed, and used for synthesizing DIG labeled G9-Ⅲ and G9-Ⅵ probes with PCR, respectively. Subsequently, RVA G and P genotypes were identified as previously described. Then G9-Ⅲ and G9-Ⅵ were further differentiated from G9 RVAs using dot-blot hybridization method established in this study. It was showed that G9 was the most prevalent genotype(43.5%),followed by G3(30.5%)、G1(12.2%)and G2(11.5%),and no G4 genotype was detected.Interestingly,G9-Ⅵ was the most predominant(96.5%) type, while only 3.5% was G9-Ⅲ among these G9 rotaviruses.Phylogenetically,G9-Ⅵ rotaviruses in this study clustered closely with human G9-Ⅵ rotaviruses which were more recently re-emerging in several countries including China around the world as well as porcine G9-Ⅵ rotavirus strain F7P4 in Canada, whereas they clustered distantly to worldwide common G9-Ⅲ strains.G9-Ⅵ rotaviruses were re-emerging in the world, whether it gained stronger spreading ability or virulence than ever common G9-Ⅲ during evolution with porcine G9-Ⅵ rotaviruses need further analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».