Assessing anthelmintic resistance risk in the post-genomic era: a proof-of-concept study assessing the potential for widespread benzimidazole-resistant gastrointestinal nematodes in North American cattle and bison
Notice bibliographique
Résumé
As genomic research continues to improve our understanding of the genetics of anthelmintic drug resistance, the revolution in DNA sequencing technologies will provide increasing opportunities for large-scale surveillance for the emergence of drug resistance. In most countries, parasite control in cattle and bison has mainly depended on pour-on macrocyclic lactone formulations resulting in widespread ivermectin resistance. Consequently, there is an increased interest in using benzimidazole drugs which have been used comparatively little in cattle and bison in recent years. This situation, together with our understanding of benzimidazole resistance genetics, provides a practical opportunity to use deep-amplicon sequencing to assess the risk of drug resistance emergence. In this paper, we use deep-amplicon sequencing to scan for those mutations in the isotype-1 β-tubulin gene previously associated with benzimidazole resistance in many trichostrongylid nematode species. We found that several of these mutations occur at low frequency in many cattle and bison parasite populations in North America, suggesting increased use of benzimidazole drugs in cattle has the potential to result in widespread emergence of resistance in multiple parasite species. This work illustrates a post-genomic approach to large-scale surveillance of early emergence of anthelmintic resistance in the field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».