Type I toxin-antitoxin systems contribute to mobile genetic elements maintenance in <i>Clostridioides difficile</i> and can be used as a counter-selectable marker for chromosomal manipulation
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Toxin-antitoxin (TA) systems are widespread on mobile genetic elements as well as in bacterial chromosomes. According to the nature of the antitoxin and its mode of action for toxin inhibition, TA systems are subdivided into different types. The first type I TA modules were recently identified in the human enteropathogen Clostridioides (formerly Clostridium ) difficile . In type I TA, synthesis of the toxin protein is prevented by the transcription of an antitoxin RNA during normal growth. Here, we report the characterization of five additional type I TA systems present within phiCD630-1 and phiCD630-2 prophage regions of C. difficile 630. Toxin genes encode 34 to 47 amino acid peptides and their ectopic expression in C. difficile induces growth arrest. Growth is restored when the antitoxin RNAs, transcribed from the opposite strand, are co-expressed together with the toxin genes. In addition, we show that type I TA modules located within the phiCD630-1 prophage contribute to its stability and mediate phiCD630-1 heritability. Type I TA systems were found to be widespread in genomes of C. difficile phages, further suggesting their functional importance. We have made use of a toxin gene from one of type I TA modules of C. difficile as a counter-selectable marker to generate an efficient mutagenesis tool for this bacterium. This tool enabled us to delete all identified toxin genes within the phiCD630-1 prophage, thus allowing investigation of the role of TA in prophage maintenance. Furthermore, we were able to delete the large 49 kb phiCD630-2 prophage region using this improved procedure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».