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Enregistrement W3010014305 · doi:10.1128/jmbe.v21i1.2005

Facilitating Growth through Frustration: Using Genomics Research in a Course-Based Undergraduate Research Experience

2020· article· en· W3010014305 sur OpenAlexaff
David Lopatto, Anne Rosenwald, Justin R. DiAngelo, Amy T. Hark, Matthew P. Skerritt, Matthew Wawersik, Anna K. Allen, Consuelo J. Alvarez, Sara Anderson, Cindy Arrigo, Andrew M. Arsham, Daron Barnard, Christopher Bazinet, James E. J. Bedard, Indrani Bose, John M. Braverman, Martin G. Burg, Rebecca C. Burgess, Paula Croonquist, Chunguang Du, Sondra Dubowsky, Heather Eisler, Matthew A. Escobar, Michael S. Foulk, Emily C. Furbee, Thomas C. Giarla, Rivka L. Glaser, Anya Goodman, Yuying Gosser, Adam Haberman, Charles R. Hauser, Shan Hays, Carina E. Howell, Jennifer C. Jemc, M. Logan Johnson, Christopher J. Jones, Lisa Kadlec, Jacob D. Kagey, Kimberly L. Keller, Jennifer A. Kennell, S. Catherine Silver Key, Adam J. Kleinschmit, Melissa Kleinschmit, Nighat P. Kokan, Olga R. Kopp, Meg M. Laakso, Judith L. Leatherman, Lindsey J Long, Mollie K. Manier, Juan Carlos Martínez‐Cruzado, Luis F. Matos, Amie J. McClellan, Gerard P. McNeil, Evan Merkhofer, Vida Mingo, Hemlata Mistry, Elizabeth Mitchell, Nathan T. Mortimer, Debaditya Mukhopadhyay, Jennifer Leigh Myka, Alexis Nagengast, Paul Overvoorde, Don Paetkau, Leocadia V. Paliulis, Susan Parrish, Mary L. Preuss, James V. Price, Nick Pullen, Catherine Reinke, Dennis Revie, Srebrenka Robic, Jennifer Roecklein‐Canfield, Michael R. Rubin, Takrima Sadikot, Jamie Siders Sanford, Maria Santisteban, Kenneth Saville, Stephanie Schroeder, C. Shaffer, Karim A. Sharif, Diane E. Sklensky, Chiyedza Small, Mary Ann Smith, Sheryl T. Smith, Rebecca Spokony, Aparna Sreenivasan, Joyce Stamm, Rachel Sterne‐Marr, Katherine C. Teeter, Justin Thackeray, Jeffrey S. Thompson, Stephanie Toering Peters, Melanie Van Stry, Norma Velazquez-Ulloa, Cindy Wolfe, James J Youngblom, Brian C. Yowler, Leming Zhou, Janie Brennan, Jeremy Buhler, Wilson Leung, Laura K Reed, Sarah C. R. Elgin

Notice bibliographique

RevueJournal of Microbiology and Biology Education · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Bioinformatics, and Biomedical Research
Établissements canadiensUniversity of the Fraser Valley
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésFormative assessmentFrustrationGeneral partnershipProcess (computing)Computer scienceGenomicsSet (abstract data type)Data scienceAnnotationMathematics educationPsychologyMedical educationGenomeArtificial intelligenceMedicineBiologySocial psychologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A hallmark of the research experience is encountering difficulty and working through those challenges to achieve success. This ability is essential to being a successful scientist, but replicating such challenges in a teaching setting can be difficult. The Genomics Education Partnership (GEP) is a consortium of faculty who engage their students in a genomics Course-Based Undergraduate Research Experience (CURE). Students participate in genome annotation, generating gene models using multiple lines of experimental evidence. Our observations suggested that the students' learning experience is continuous and recursive, frequently beginning with frustration but eventually leading to success as they come up with defendable gene models. In order to explore our "formative frustration" hypothesis, we gathered data from faculty via a survey, and from students via both a general survey and a set of student focus groups. Upon analyzing these data, we found that all three datasets mentioned frustration and struggle, as well as learning and better understanding of the scientific process. Bioinformatics projects are particularly well suited to the process of iteration and refinement because iterations can be performed quickly and are inexpensive in both time and money. Based on these findings, we suggest that a dynamic of "formative frustration" is an important aspect for a successful CURE.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,019
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,048
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,019
Score d'incertitude au seuil0,099

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0190,048
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0070,007
Communication savante0,0100,006
Science ouverte0,0020,013
Intégrité de la recherche0,0020,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,147
Tête enseignante GPT0,434
Écart entre enseignants0,287 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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