Applying a gene-suite approach to examine the physiological status of wild-caught walleye ( <i>Sander vitreus</i> )
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Molecular techniques have been increasingly used in a conservation physiology framework to provide valuable information regarding the mechanisms underlying responses of wild organisms to environmental and anthropogenic stressors. In the present study, we developed a reference gill transcriptome for walleye ( Sander vitreus ) allowing us to pair a gene-suite approach with multivariate statistics to examine the physiological status of wild-caught walleye. For molecular analyses of wild fish, the gill is a useful target for conservation studies, not only because of its importance as an indicator of the physiological status of fish but also because it can be biopsied non-lethally. Walleye were non-lethally sampled following short- (∼1.5 month) and long-term (∼3.5 month) holding in the Delta Marsh, that is located south of Lake Manitoba in Manitoba, Canada. Large-bodied walleye are held in the Delta Marsh from late April to early August by exclusion screens used to protect the marsh from invasive common carp ( Cyprinus carpio ), exposing fish to potentially stressful water quality conditions. Principal components analysis (PCA) revealed patterns of transcript abundance consistent with exposure of fish to increasingly high temperature and low oxygen conditions with longer holding in the marsh. For example, longer-term holding in the marsh was associated with increases in the mRNA levels of heat shock proteins and a shift in the mRNA abundance of aerobic to anaerobic metabolic genes. Overall, the results of the present study suggest that walleye held in the Delta Marsh may be exhibiting sub-lethal responses to high temperature and low oxygen conditions and provides valuable information for managers invested in mediating these impacts to a local species of conservation concern. More broadly, we highlight the usefulness of pairing transcriptomic techniques with multivariate statistics to address potential confounding factors that can affect measured physiological responses of wild-caught fish. Lay summary Non-lethal molecular techniques were used to assess the physiological status of wild-caught walleye confined in the Delta Marsh, Manitoba, Canada, because of common carp exclusion screens. Walleye sampled during the warmest months of the year exhibited responses to elevated temperature and low oxygen conditions, suggesting sub-lethal effects of local conditions.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».