Putative freshwater mussel species Pyganodon cataracta and Pyganodon fragilis: open reading frames and their significance to conservation, phylogenetics and hermaphroditism
Notice bibliographique
Résumé
Freshwater mussels, or unionids, are declining at a catastrophic rate. As keystone species, they make up as much as 95% of the benthic biomass, and their decline could radically alter benthic ecosystems. Here the use of the rapidly mutating, novel open reading frame on the female-type mitochondrial genomes (f-orf) of these unionids is investigated in comparison to the cytochrome c oxidase subunit 1 gene (cox1) as a means to differentiate between closely related freshwater mussel species and to detect evidence of hermaphroditism. The eastern floater, Pyganodon cataracta (Say, 1817) and the Newfoundland floater, P. fragilis (Lamarck, 1819), are two putative freshwater mussel species. Previous morphological and molecular attempts at differentiating them have indicated they are the same species. Species-specific primers were designed, and target f-orf sequences were PCR amplified and sequenced via Sanger sequencing. Phylogenetic analysis of both F f-orf and previously sequenced cox1 sequences indicated the samples were of the same species, and no identifiable evolutionary significant units (ESUs) and/or management units (MUs) were observed. There was not any evidence of hermaphroditism based on these f-orf sequences. These f-orf sequences may still be useful in other species of unionids to distinguish among closely related species, to assign conservation status in imperilled mussel taxa to help identify and protect populations that are genetically distinct, and to maximize adaptive potential of unionids species as a whole, or to detect evidence of selection for hermaphroditism as a reproductive strategy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».