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Enregistrement W3011720109 · doi:10.1038/s41598-020-61297-4

Privacy-preserving distributed learning of radiomics to predict overall survival and HPV status in head and neck cancer

2020· article· en· W3011720109 sur OpenAlexaff
Marta Bogowicz, Arthur Jochems, Timo M. Deist, Stephanie Tanadini‐Lang, Shao Hui Huang, Biu Chan, John Waldron, Scott V. Bratman, Brian O’Sullivan, Oliver Riesterer, Gabriela Studer, Jan Unkelbach, Samir Barakat, Ruud H. Brakenhoff, Irene H. Nauta, Silvia Eleonora Gazzani, Giuseppina Calareso, Kathrin Scheckenbach, Frank Hoebers, Frederik Wesseling, Simon Keek, Sebastian Sanduleanu, Ralph T. H. Leijenaar, Marije R. Vergeer, C. René Leemans, Chris H.J. Terhaard, Michiel W. M. van den Brekel, Olga Hamming‐Vrieze, Martijn A. van der Heijden, Hesham Elhalawani, Clifton D. Fuller, Matthias Gückenberger

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRadiomics and Machine Learning in Medical Imaging
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringStichting voor de Technische WetenschappenNational Institute of Dental and Craniofacial ResearchCenter for Translational Molecular MedicineNational Cancer InstituteKWF KankerbestrijdingNational Institutes of HealthSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekHealth Foundation LimburgNational Science FoundationEurostarsHorizon 2020 Framework ProgrammeCancer Research UKAndrew Sabin Family FoundationDivision of Mathematical SciencesUniversity of Texas MD Anderson Cancer CenterInterregElekta
Mots-clésRadiomicsFeature selectionLogistic regressionComputer scienceWorkflowFeature (linguistics)Artificial intelligenceCluster analysisMachine learningReceiver operating characteristicHead and neck cancerData miningCancerMedicineDatabaseInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract A major challenge in radiomics is assembling data from multiple centers. Sharing data between hospitals is restricted by legal and ethical regulations. Distributed learning is a technique, enabling training models on multicenter data without data leaving the hospitals (“privacy-preserving” distributed learning). This study tested feasibility of distributed learning of radiomics data for prediction of two year overall survival and HPV status in head and neck cancer (HNC) patients. Pretreatment CT images were collected from 1174 HNC patients in 6 different cohorts. 981 radiomic features were extracted using Z-Rad software implementation. Hierarchical clustering was performed to preselect features. Classification was done using logistic regression. In the validation dataset, the receiver operating characteristics (ROC) were compared between the models trained in the centralized and distributed manner. No difference in ROC was observed with respect to feature selection. The logistic regression coefficients were identical between the methods (absolute difference <10−7). In comparison of the full workflow (feature selection and classification), no significant difference in ROC was found between centralized and distributed models for both studied endpoints (DeLong p > 0.05). In conclusion, both feature selection and classification are feasible in a distributed manner using radiomics data, which opens new possibility for training more reliable radiomics models.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,006
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,017

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,006
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,296
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations80
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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