Homology Modeling of Human Uridine-5′-diphosphate-glucuronosyltransferase 1A6 Reveals Insights into Factors Influencing Substrate and Cosubstrate Binding
Notice bibliographique
Résumé
The elimination of numerous endogenous compounds and xenobiotics via glucuronidation by uridine-5'-diphosphate glycosyltransferase enzymes (UGTs) is an essential process of the body's chemical defense system. UGTs have distinct but overlapping substrate preferences, but the molecular basis for their substrate specificity remains poorly understood. Three-dimensional protein structures can greatly enhance our understanding of the interactions between enzymes and their substrates, but because of the inherent difficulties in purifying and crystallizing integral endoplasmic reticulum membrane proteins, no complete mammalian UGT structure has yet been produced. To address this problem, we have created a homology model of UGT1A6 using I-TASSER to explore, in detail, the interactions of human UGT1A6 with its substrates. Ligands were docked into our model in the presence of the cosubstrate uridine-5'-diphosphate-glucuronic acid, interacting residues were examined, and poses were compared to those cocrystallized with various plant and bacterial glycosyltransferases (GTs). Our model structurally resembles other GTs, and docking experiments replicated many of the expected UGT-substrate interactions. Some bias toward the template structures' protein-substrate interactions and binding preferences was evident.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».