Landscape of BRIP1 molecular lesions in gastrointestinal cancers from published genomic studies
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUNDBRIP1 is a helicase that partners with BRCA1 in the homologous recombination (HR) step in the repair of DNA inter-strand cross-link lesions.It is a rare cause of hereditary ovarian cancer in patients with no mutations of BRCA1 or BRCA2.The role of the protein in other cancers such as gastrointestinal (GI) carcinomas is less well characterized but given its role in DNA repair it could be a candidate tumor suppressor similarly to the two BRCA proteins. AIMTo analyze the role of helicase BRIP1 (FANCJ) in GI cancers pathogenesis. METHODSPublicly available data from genomic studies of esophageal, gastric, pancreatic, cholangiocarcinomas and colorectal cancers were interrogated to unveil the role of BRIP1 in these carcinomas and to discover associations of lesions in BRIP1 with other more common molecular defects in these cancers. RESULTSMolecular lesions in BRIP1 were rare (3.6% of all samples) in GI cancers and consisted almost exclusively of mutations and amplifications.Among mutations, 40% were possibly pathogenic according to the OncoKB database.A majority of BRIP1 mutated GI cancers were hyper-mutated due to concomitant mutations in mismatch repair or polymerase ε and δ1 genes.No associations were discovered between amplifications of BRIP1 and any mutated genes.In gastroesophageal cancers BRIP1 amplification commonly co-occurs with ERBB2 amplification. CONCLUSIONOverall BRIP1 molecular defects do not seem to play a major role in GI cancers whereas mutations frequently occur in hypermutated carcinomas and co-occur with other HR genes mutations.Despite their rarity, BRIP1 defects may present
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».