Through the Looking Glass: Chiral Recognition of Substrates and Products at the Active Sites of Racemases and Epimerases
Notice bibliographique
Résumé
Unlike most enzymes, which exhibit stereospecific substrate binding, racemases and epimerases bind and catalyze the reversible interconversion of enantiomeric and epimeric pairs of substrates. Over the past 15 years, a growing number of racemase and epimerase structures have been solved, furnishing insights into the nature of chiral recognition of substrates by these enzymes. Those enzymes catalyzing stereoinversion of a carbon acid substrate through a direct 1,1-proton transfer mechanism all bind their substrates in a mirror-image packing orientation. This does not apply generally to racemases and epimerases that use other mechanisms, such as NADH-dependent epimerases that employ a "flipping" mechanism. In general, polar groups are bound and fixed at the three binding determinants on the protein defining a pseudo-mirror plane, while nonpolar groups may be mobile. The hydrogen atoms on each stereocenter are positioned antipodal with respect to the pseudo-mirror plane, making a two-base mechanism imperative. Recognition that mirror-image packing is the common binding mode for enantiomeric or epimeric substrates of these enzymes should inform modelling/docking studies and protein engineering.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».