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Enregistrement W3012345794 · doi:10.1038/s42003-020-0802-y

Genome-wide association meta-analysis of corneal curvature identifies novel loci and shared genetic influences across axial length and refractive error

2020· review· en· W3012345794 sur OpenAlexaff
Qiao Fan, Alfred Pozarickij, Nicholas Y.Q. Tan, Xiaobo Guo, Virginie J. M. Verhoeven, Véronique Vitart, Jeremy A. Guggenheim, Masahiro Miyake, J. Willem L. Tideman, Anthony P. Khawaja, Liang Zhang, Stuart MacGregor, René Höhn, Peng Chen, Ginevra Biino, Juho Wedenoja, Seyed Ehsan Saffari, Milly S. Tedja, Jing Xie, Carla Lança, Ya Xing Wang, Srujana Sahebjada, Johanna Mazur, Alireza Mirshahi, Nicholas G. Martin, Seyhan Yazar, Craig E. Pennell, Maurice Yap, Annechien E. G. Haarman, Clair A. Enthoven, Jan Roelof Polling, Joan E. Bailey‐Wilson, Kathryn P. Burdon, Harry Campbell, Li Jia Chen, Emily Y. Chew, Jamie E. Craig, Phillippa Cumberland, Margaret M. DeAngelis, Cécile Delcourt, Xiaohu Ding, David M. Evans, Puya Gharahkhani, Adriana I. Iglesias, Toomas Haller, Xikun Han, Quan V. Hoang, Robert P. Igo, Sudha K. Iyengar, Mika Kähönen, Jaakko Kaprio, Ronald Klein, Jonathan H. Lass, K. Lee, Terho Lehtimäki, Deyana Lewis, Qing Li, Shi‐Ming Li, Leo‐Pekka Lyytikäinen, Akira Meguro, Andres Metspalu, Candace D. Middlebrooks, Nobuhisa Mizuki, Anthony M. Musolf, Stefan Nickels, Konrad Oexle, Chi Pui Pang, Andrew D. Paterson, Jugnoo S. Rahi, Olli T. Raitakari, Igor Rudan, Dwight Stambolian, Claire L. Simpson, Ningli Wang, Wen Bin Wei, Katie Williams, James F. Wilson, Robert Wojciechowski, Kenji Yamashiro, Jason C. Yam, Xiangtian Zhou, Tariq Aslam, Sarah Barman, Peter Blows, Catey Bunce, Roxana O. Carare, Usha Chakravarthy, Michelle Chan, Sharon Chua, David P. Crabb, Philippa M. Cumberland, Alexander Day, Parul Desai, Bal Dhillon, Andrew D. Dick, Cathy Egan, Sarah Ennis, Marcus Fruttiger, John Gallacher, David F. Garway‐Heath, Jane Whitney Gibson, Dan Gore, Alison J. Hardcastle, Simon Harding, Ruth Hogg, Pearse A. Keane, Peng T. Khaw, Gerassimos Lascaratos, Andrew Lotery, Tom MacGillivray, Sarah Mackie, Keith R. Martin, Michelle McGaughey, Bernadette McGuinness, Gareth J. McKay, Martin McKibbin, Danny Mitry, Tony Moore, Zaynah Muthy, Eoin O’Sullivan, Christopher G. Owen, Praveen J. Patel, Euan Paterson, Tünde Pető, Axel Petzold, Alicja R. Rudnikca, Jay Self, Sobha Sivaprasad, David Steel, Irene Stratton, Nicholas G. Strouthidis, Cathie Sudlow, Dhanes Thomas, Emanuele Trucco, Adnan Tufail, S A Vernon, Ananth C. Viswanathan, Jayne V. Woodside, Max Yates, Jennifer Yip, Yalin Zheng, Alex W. Hewitt, Vincent W. V. Jaddoe, Cornelia M. van Duijn, Caroline Hayward, Ozren Polašek, E Shyong Tai, Yoshikatsu Hosoda, Pirro G. Hysi, Terri L. Young, Akitaka Tsujikawa, Jie Jing Wang, Paul Mitchell, Norbert Pfeiffer, Olavi Pärssinen, Paul J. Foster, Maurizio Fossarello, Shea Ping Yip, Cathy Williams, Christopher J. Hammond, Jost B. Jonas, Mingguang He, David A. Mackey, Tien Yin Wong, Caroline C. W. Klaver, Seang‐Mei Saw, Paul N. Baird, Ching‐Yu Cheng

Notice bibliographique

RevueCommunications Biology · 2020
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCorneal surgery and disorders
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Medical Research CouncilNational Health and Medical Research CouncilSight Research UKNational Institutes of HealthStichting Nederlands Oogheelkundig OnderzoekLandelijke Stichting voor Blinden en SlechtziendenAlgemene Nederlandse Vereniging ter voorkoming van BlindheidNational Natural Science Foundation of ChinaNelly Reef FundMedical Research CouncilOogfondsODAS StichtingZonMwNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekOphthalmic Research Institute of AustraliaPfizer AustraliaStichting DondersfondsErasmus Medisch CentrumUniversity of BristolNational Institute for Health and Care ResearchStichting Steunfonds UitzichtEuropean CommissionPfizerAmerican Health Assistance Foundation
Mots-clésEmmetropiaGenome-wide association studyBiologyGeneticsQuantitative trait locusPopulationGenetic associationRefractive errorSingle-nucleotide polymorphismGeneGenotypeMedicineEye disease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Corneal curvature, a highly heritable trait, is a key clinical endophenotype for myopia - a major cause of visual impairment and blindness in the world. Here we present a trans-ethnic meta-analysis of corneal curvature GWAS in 44,042 individuals of Caucasian and Asian with replication in 88,218 UK Biobank data. We identified 47 loci (of which 26 are novel), with population-specific signals as well as shared signals across ethnicities. Some identified variants showed precise scaling in corneal curvature and eye elongation (i.e. axial length) to maintain eyes in emmetropia (i.e. HDAC11/FBLN2 rs2630445, RBP3 rs11204213); others exhibited association with myopia with little pleiotropic effects on eye elongation. Implicated genes are involved in extracellular matrix organization, developmental process for body and eye, connective tissue cartilage and glycosylation protein activities. Our study provides insights into population-specific novel genes for corneal curvature, and their pleiotropic effect in regulating eye size or conferring susceptibility to myopia.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,760
Score d'incertitude au seuil0,910

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,001
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,185
Tête enseignante GPT0,418
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations42
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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