Whole Genome Sequencing Differentiates Presumptive Extended Spectrum Beta-Lactamase Producing Escherichia coli along Segments of the One Health Continuum
Notice bibliographique
Résumé
Antimicrobial resistance (AMR) has important implications for the continued use of antibiotics to control infectious diseases in both beef cattle and humans. AMR along the One Health continuum of the beef production system is largely unknown. Here, whole genomes of presumptive extended-spectrum β-lactamase E. coli (ESBL-EC) from cattle feces (n = 40), feedlot catch basins (n = 42), surrounding streams (n = 21), a beef processing plant (n = 4), municipal sewage (n = 30), and clinical patients (n = 25) are described. ESBL-EC were isolated from ceftriaxone selective plates and subcultured on ampicillin selective plates. Agreement of genotype-phenotype prediction of AMR ranged from 93.2% for ampicillin to 100% for neomycin, trimethoprim/sulfamethoxazole, and enrofloxacin resistance. Overall, β-lactam (100%; blaEC, blaTEM-1, blaSHV, blaOXA, blaCTX-M-), tetracycline (90.1%; tet(A), tet(B)) and folate synthesis (sul2) antimicrobial resistance genes (ARGs) were most prevalent. The ARGs tet(C), tet(M), tet(32), blaCTX-M-1, blaCTX-M-14, blaOXA-1, dfrA18, dfrA19, catB3, and catB4 were exclusive to human sources, while blaTEM-150, blaSHV-11–12, dfrA12, cmlA1, and cmlA5 were exclusive to beef cattle sources. Frequently encountered virulence factors across all sources included adhesion and type II and III secretion systems, while IncFIB(AP001918) and IncFII plasmids were also common. Specificity and prevalence of ARGs between cattle-sourced and human-sourced presumptive ESBL-EC likely reflect differences in antimicrobial use in cattle and humans. Comparative genomics revealed phylogenetically distinct clusters for isolates from human vs. cattle sources, implying that human infections caused by ESBL-EC in this region might not originate from beef production sources.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».