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Enregistrement W3013248105 · doi:10.1038/s41467-020-15383-w

The genetic architecture of membranous nephropathy and its potential to improve non-invasive diagnosis

2020· review· en· W3013248105 sur OpenAlexaff
Jingyuan Xie, Lili Liu, Nikol Mladkova, Yifu Li, Hong Ren, Weiming Wang, Zhao Cui, Li Lin, X. Hu, Xialian Yu, Jing Xu, Gang Liu, Yaşar Çalışkan, Carlo Sidore, Olivia Balderes, Raphael J. Rosen, Monica Bodria, Francesca Zanoni, Jun Y. Zhang, Priya Krithivasan, Karla Mehl, Maddalena Marasà, Atlas Khan, Fatih Ozay, Pietro A. Canetta, Andrew S. Bomback, Gerald B. Appel, Simone Sanna‐Cherchi, Matthew G. Sampson, Laura Mariani, Agnieszka Perkowska‐Ptasińska, Magdalena Durlik, Krzysztof Mucha, Barbara Moszczuk, Bartosz Foroncewicz, Leszek Pączek, Ireneusz Habura, Elisabet Ars, José Ballarín, Laila-Yasmin Mani, Bruno Vogt, Savaş Öztürk, Abdülmecit Yıldız, Nurhan Seyahi, Hakkı Arikan, Mehmet Koç, Taner Baştürk, Gonca E. Karahan, Sebahat Usta Akgül, Mehmet Şükrü Sever, Dan Zhang, Domenico Santoro, Mario Bonomini, Francesco Londrino, Loreto Gesualdo, Jana Reiterová, Vladimı́r Tesař, Claudia Izzi, Silvana Savoldi, Donatella Spotti, Carmelita Marcantoni, Piergiorgio Messa, Marco Galliani, Dario Roccatello, Simona Granata, Gianluigi Zaza, Francesca Lugani, Gian Marco Ghiggeri, Isabella Pisani, Landino Allegri, Ben Sprangers, Jin‐Ho Park, Belong Cho, Yon Su Kim, Dong Ki Kim, Hitoshi Suzuki, Antonio Amoroso, Daniel Cattran, Fernando C. Fervenza, Antonello Pani, Patrick Hamilton, Shelly Harris, Sanjana Gupta, Chris Cheshire, Stephanie Dufek, Naomi Issler, Ruth J. Pepper, John Connolly, Stephen H. Powis, Detlef Böckenhauer, Horia Stanescu, Neil Ashman, Ruth J. F. Loos, Eimear E. Kenny, Matthias Wuttke, Kai‐Uwe Eckardt, Anna Köttgen, Julia M. Hofstra, Marieke J. H. Coenen, Lambertus A. Kiemeney, Shreeram Akilesh, Matthias Kretzler, Laurence H. Beck, Bénédicte Stengel, Hanna Dêbiec, Pierre Ronco, Jack F.M. Wetzels, Magdalena Żołędziewska, Francesco Cucca, Iuliana Ionita‐Laza, Hajeong Lee, Elion Hoxha, Rolf A.K. Stahl, Paul Brenchley, Francesco Scolari, Ming‐Hui Zhao, Ali G. Gharavi, Robert Kleta, Nan Chen, Krzysztof Kiryluk

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2020
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRenal Diseases and Glomerulopathies
Établissements canadiensToronto General HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Key Research and Development Program of ChinaSchool of Medicine, Shanghai Jiao Tong UniversityNierstichtingUniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w PoznaniuNational Natural Science Foundation of ChinaUniversità degli Studi di TorinoShanghai Municipal Education CommissionScience and Technology Commission of Shanghai MunicipalityMinistero della SaluteKfH-Stiftung PräventivmedizinSeoul National UniversitySeoul National University HospitalNational Institute on Minority Health and Health DisparitiesDeutsche ForschungsgemeinschaftNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesKids Kidney ResearchShanghai Jiao Tong UniversityHalpin FoundationNational Institutes of HealthKidney Research UKRare Diseases Clinical Research NetworkAgence Nationale de la RechercheUniversity of MichiganNational Institute for Health and Care ResearchBundesministerium für Bildung und ForschungNational Center for Advancing Translational SciencesMedical Research CouncilNephcure Foundation
Mots-clésGenome-wide association studyLocus (genetics)AlleleGenetic architectureGenetic associationGeneticsDiseaseHuman leukocyte antigenMembranous nephropathyNephropathyKidney diseaseInternal medicineMedicineBiologyImmunologyGeneGenotypeKidneyQuantitative trait locusEndocrinologyGlomerulonephritisAntigenSingle-nucleotide polymorphismDiabetes mellitus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Membranous Nephropathy (MN) is a rare autoimmune cause of kidney failure. Here we report a genome-wide association study (GWAS) for primary MN in 3,782 cases and 9,038 controls of East Asian and European ancestries. We discover two previously unreported loci, NFKB1 (rs230540, OR = 1.25, P = 3.4 × 10 −12 ) and IRF4 (rs9405192, OR = 1.29, P = 1.4 × 10 −14 ), fine-map the PLA2R1 locus (rs17831251, OR = 2.25, P = 4.7 × 10 −103 ) and report ancestry-specific effects of three classical HLA alleles: DRB1*1501 in East Asians (OR = 3.81, P = 2.0 × 10 −49 ), DQA1*0501 in Europeans (OR = 2.88, P = 5.7 × 10 −93 ), and DRB1*0301 in both ethnicities (OR = 3.50, P = 9.2 × 10 −23 and OR = 3.39, P = 5.2 × 10 −82 , respectively). GWAS loci explain 32% of disease risk in East Asians and 25% in Europeans, and correctly re-classify 20–37% of the cases in validation cohorts that are antibody-negative by the serum anti-PLA2R ELISA diagnostic test. Our findings highlight an unusual genetic architecture of MN, with four loci and their interactions accounting for nearly one-third of the disease risk.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,990
Score d'incertitude au seuil0,800

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,313
Écart entre enseignants0,297 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations220
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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