Sub-megabase resolution array CGH profiling of small cell lung cancer cell lines.
Notice bibliographique
Résumé
3430 Background: Small cell lung cancer (SCLC) accounts for 20% of the yearly cases of lung cancer in the United States. Survival rates for this disease have improved little over the last 20 years with median survival times of only 7-13 months. This may in part be due to the high frequency of relapse with resistant micrometastatic disease after initial chemotherapy. The identification of molecular targets for prognosis and therapy of the disease may be crucial in improving survival rates of SCLC. Array comparative genomic hybridization (aCGH) is a new method for detecting genomic alterations in human cancers, which may allow the rapid discovery of novel genes involved in tumorigenesis. We have designed a CGH array which represents a >100-fold increase in resolution over conventional metaphase CGH allowing for genome-wide identification of genetic alterations at a resolution of 100kbp. Objectives: To identify novel genetic alterations in SCLC cell lines by high resolution copy number profiling of the entire human genome. Design: Utilizing a human whole-genome 32,433 overlapping BAC clone set we have created a CGH array spanning the entire genome at an average density of 10 clones per megabase. This array was then used to profile 15 SCLC cell lines for copy number changes. Sample DNA was labeled with cyanine 5 through a random priming reaction and co-hybridized with a cyanine 3 labeled reference DNA to the arrays. Post-hybridization the arrays were scanned using a CCD based imaging system from Applied Precision. Signal ratios were then determined using the Softworx array analysis program. Results: We have delineated breakpoints in SCLC lines to within one BAC clone in single experiments. This high resolution profiling has allowed us to identify both the expected alterations at loci such as hTERT, ATM and MYC as well as novel micro-amplifications and deletions as small as 200kb that have not been detected by conventional methodologies. This has allowed us to rapidly identify novel candidate genes associated with SCLC tumorigenesis. Conclusions High resolution genome wide array CGH has allowed the rapid identification of novel candidate genes associated with lung cancer tumorigenesis. This work was supported by grants from Genome Canada/B.C., NCIC Terry Fox New Frontiers, and Lung SPORE P50 CA70907.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».