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Enregistrement W3013752477 · doi:10.1182/blood.2019004116

An intestinal organoid–based platform that recreates susceptibility to T-cell–mediated tissue injury

2020· article· en· W3013752477 sur OpenAlexfundno aff
Yu Matsuzawa, Ashley M. Hine, Yusuke Shono, Eugene Rudensky, Amina Lazrak, Frank Yeung, Jessica A. Neil, Xiaomin Yao, Ying-Han Chen, T. G. Heaney, Samantha L. Schuster, Erin E. Zwack, Jordan E. Axelrad, David Hudesman, Jennifer J. Tsai, Katherine Nichols, Md. Zahidunnabi Dewan, Michael Cammer, Allison M. Beal, Sandra J. Hoffman, Brad J. Geddes, John Bertin, Chen Liu, Victor J. Torres, P’ng Loke, Marcel R.M. van den Brink, Ken Cadwell

Notice bibliographique

RevueBlood · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiquePhagocytosis and Immune Regulation
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesYork UniversityCrohn's and Colitis FoundationNational Institute on AgingParker Institute for Cancer ImmunotherapyNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Cancer InstituteKenneth Rainin FoundationMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterNational Institutes of HealthStony Wold-Herbert FundJapan Society for the Promotion of ScienceNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésNecroptosisATG16L1OrganoidAutophagyTransplantationHematopoietic stem cell transplantationBiologyProgrammed cell deathCancer researchImmunologyStem cellMedicineApoptosisCell biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A goal in precision medicine is to use patient-derived material to predict disease course and intervention outcomes. Here, we use mechanistic observations in a preclinical animal model to design an ex vivo platform that recreates genetic susceptibility to T-cell-mediated damage. Intestinal graft-versus-host disease (GVHD) is a life-threatening complication of allogeneic hematopoietic cell transplantation. We found that intestinal GVHD in mice deficient in Atg16L1, an autophagy gene that is polymorphic in humans, is reversed by inhibiting necroptosis. We further show that cocultured allogeneic T cells kill Atg16L1-mutant intestinal organoids from mice, which was associated with an aberrant epithelial interferon signature. Using this information, we demonstrate that pharmacologically inhibiting necroptosis or interferon signaling protects human organoids derived from individuals harboring a common ATG16L1 variant from allogeneic T-cell attack. Our study provides a roadmap for applying findings in animal models to individualized therapy that targets affected tissues.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations60
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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