Transcriptomic Profiling in Fins of Atlantic Salmon Parasitized with Sea Lice: Evidence for an Early Imbalance Between Chalimus-Induced Immunomodulation and the Host’s Defense Response
Notice bibliographique
Résumé
Parasitic sea lice (e.g., Lepeophtheirus salmonis) cause costly outbreaks in salmon farming. Molecular insights into parasite-induced host responses will provide the basis for improved management strategies. We investigated the early transcriptomic responses in pelvic fins of Atlantic salmon parasitized with chalimus I stage sea lice. Fin samples collected from non-infected (i.e., pre-infected) control (PRE) and at chalimus-attachment sites (ATT) and adjacent to chalimus-attachment sites (ADJ) from infected fish were used in profiling global gene expression using 44K microarrays. We identified 6568 differentially expressed probes (DEPs, FDR < 5%) that included 1928 shared DEPs between ATT and ADJ compared to PRE. The ATT versus ADJ comparison revealed 90 DEPs, all of which were upregulated in ATT samples. Gene ontology/pathway term network analyses revealed profound changes in physiological processes, including extracellular matrix (ECM) degradation, tissue repair/remodeling and wound healing, immunity and defense, chemotaxis and signaling, antiviral response, and redox homeostasis in infected fins. The QPCR analysis of 37 microarray-identified transcripts representing these functional themes served to confirm the microarray results with a significant positive correlation (p < 0.0001). Most immune/defense-relevant transcripts were downregulated in both ATT and ADJ sites compared to PRE, suggesting that chalimus exerts immunosuppressive effects in the salmon’s fins. The comparison between ATT and ADJ sites demonstrated the upregulation of a suite of immune-relevant transcripts, evidencing the salmon’s attempt to mount an anti-lice response. We hypothesize that an imbalance between immunomodulation caused by chalimus during the early phase of infection and weak defense response manifested by Atlantic salmon makes it a susceptible host for L. salmonis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».