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Enregistrement W3014698278 · doi:10.1371/journal.ppat.1008385

Fine-tuning a blunt tool: Regulation of viral host shutoff RNases

2020· article· en· W3014698278 sur OpenAlexaff
Raecliffe E. Daly, Denys A. Khaperskyy, Marta Gaglia

Notice bibliographique

RevuePLoS Pathogens · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
Thématiqueinterferon and immune responses
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institutes of Health
Mots-clésBiologyVirologyVirusViral replicationHerpes simplex virusGeneCell biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The evolutionary arms race between host and pathogen has resulted in the ability of many human viruses to alter the host gene expression profile during infection, in order to redirect cellular resources towards viral gene expression and inhibit cell-intrinsic host immune responses. In particular, multiple viruses globally reduce host gene expression in a process termed "host shutoff." Multiple mechanisms of host shutoff exist, including translational and transcriptional shutoff, but several viruses carry out host shutoff by encoding ribonucleases (RNases) that degrade host messenger RNAs (mRNAs). Viral host shutoff RNases include the influenza A virus polymerase acidic-X (PA-X) [1], the herpes simplex viruses (HSV-1 and -2) virion host shutoff protein (vhs) These RNases contribute to efficient formation of virions and/or reduction of innate immune signaling For example, in the absence of EBV BGLF5, the virus produces fewer mature capsids, many of which remain trapped in the nucleus Vhs-deficient HSV replicates well in many common tissue culture models [9] but shows replication defects in relevant cell types, such as cerebellar granule neurons Moreover, in mice, viruses lacking detectable host shutoff activity replicate to lower viral titers in neuronal tissue Influenza A virus PA-X also limits host antiviral and proinflammatory responses in several animal models Although host shutoff RNases are important for successful viral infection, their activity presents an interesting problem for the viruses that encode them. Unregulated RNase activity could degrade viral RNAs or host mRNAs encoding proteins that the virus needs. Moreover, drastic depletion of the mRNA pool by the virus could trigger antiviral host stress responses and cell death. It is thus unsurprising that evidence is now emerging that viruses posttranslationally regulate the activity of their host shutoff RNases through a variety of mechanisms, reviewed herein (Fig

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,020
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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